Podatnicy często jednak spierają się z fiskusem co do prawidłowej wysokości podatku, szczególnie jeśli posiadają obligacje odziedziczone lub darowane.

Odziedziczenie obligacji przez osoby fizyczne w tzw. zerowej grupie nie podlega podatkowi od spadków i darowizn, pod warunkiem że spadkobierca zawiadomi o tym urząd skarbowy. Jeśli wystąpi podatek od spadków i darowizn, to nie będzie można go uwzględnić przy rozliczeniu sprzedaży obligacji. Ta ulga podatkowa pozwalająca na odliczenie podatku nie dotyczy obligacji, ale akcji.

W przypadku obligacji, z których dochodem są odsetki czy dyskonto, funkcjonuje inny mechanizm odliczenia. Krystian Pawłowicz, ekspert w KPMG, zauważa, że podstawą opodatkowania w przypadku nabycia obligacji z dyskontem będzie kwota uzyskana z wykupu pomniejszona o kwotę, po której obligacje zostały nabyte przez spadkodawcę lub darczyńcę.

Taką tezę potwierdza orzecznictwo NSA (m.in. wyrok z 4 grudnia 2009, II FSK sygn. akt 1094/08 oraz 7 stycznia 2009 r., sygn. akt II FSK 1418/07).