Zwolnienie z podatku dochodowego (zarówno w PIT, jak i w CIT) oznacza, że w okresie od dnia uzyskania zezwolenia na działanie w strefie, do wyczerpania pomocy regionalnej lub do końca okresu funkcjonowania strefy podmioty nie płacą podatku od dochodów uzyskanych z tytułu działalności prowadzonej na terenie strefy.

Agata Rutkowska, doradca podatkowy, menedżer w Accreo Taxand, tłumaczy, że fakt objęcia zwolnieniem z podatku wyłącznie dochodów uzyskanych z działalności w strefie na podstawie posiadanego zezwolenia oznacza konieczność rozróżnienia poszczególnych kategorii przychodów uzyskiwanych przez podatnika w zależności od źródła ich pohodzenia – tj. z działalności strefowej bądź z działalności pozastrefowej. Przychody te będą odpowiednio wolne od podatku lub opodatkowane.

Przedsiębiorcy często jednak uzyskują przychody, które dotyczą obu kategorii. Będą to np. różnego rodzaju przychody finansowe, w tym odsetki z rachunków bankowych czy z instrumentów finansowych.

Przepisy odnoszą się do sposobu alokacji kosztów związanych jednocześnie z działalnością opodatkowaną i zwolnioną, brak jest natomiast analogicznych regulacji w zakresie alokacji przychodów.

Oprócz tego pewną niekorzyścią dla przedsiębiorców strefowych jest brak możliwości rozliczenia straty z działalności gospodarczej. Potwierdził to ostatnio NSA w wyroku z 15 grudnia 2011 r. (sygn. akt II FSK 1153/10, prawomocny). Sąd uznał, że prawo przedsiębiorcy do obniżania dochodu o straty poniesione w latach ubiegłych nie ma zastosowania do dochodów i strat poniesionych w związku z działalnością w SSE.

Efekty działania specjalnych stref ekonomicznych na koniec III kwartału 2011 r.
Liczba zezwoleń udzielonych na działanie w strefach ekonomicznych wyniosła 1416, a wartość zrealizowanych inwestycji – 77 mld zł.