Nie jest jasne, czy podmioty te, niebędące w pełni autonomicznymi tworami, powinny być traktowane jako niezależni podatnicy VAT. Według NSA usługi świadczone przez zakład komunalny na rzecz gminy nie podlegają podatkowi od towarów i usług (wyrok z 18 października 2011 r., sygn. akt I FSK 1369/10).

Marcin Zawadzki, ekspert w Ernst & Young, zwraca uwagę, że w tym wyroku NSA nie rozstrzygnął problemu, ale wskazał, że zakład wykonujący zadania zlecone na rzecz gminy powinien być traktowany jako podmiot pozostający poza zakresem VAT. Nie przeszkadza to jednak w tym, aby zakład był postrzegany jako normalny podatnik VAT przy świadczeniu usług na rzecz pozostałych usługobiorców. W efekcie sytuacja zakładu komunalnego może być różna w zależność od tego, kto jest beneficjentem realizowanych przez niego świadczeń.

Jednak stanowisko to nie jest tak jednoznaczne, gdyż we wcześniejszych wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego zajmował różne stanowiska (np. wyrok z 11 maja 2011 r., sygn. akt I FSK 625/10).