W sprawie naczelnik urzędu skarbowego odmówił spółce zwrotu części podatku akcyzowego z tytułu dostaw wewnątrzwspólnotowych wyrobów akcyzowych niezharmonizowanych (kosmetyków). Według organu spółka nie spełniła warunków do zwrócenia jej podatku. Spółka odwołała się od takiej decyzji i naczelnik po rozpatrzeniu odwołania wydał nową decyzję, w której określił już, że sporna kwota części akcyzy powinna być spółce zwrócona.

To nie zakończyło jednak sporu spółki z fiskusem. Spółka domagała się jeszcze naliczenia i zapłaty odsetek za zwłokę od nadpłaty powstałej w wyniku odmowy zwrotu podatku akcyzowego. Według spółki odsetki powinny być liczone od dnia powstania nadpłaty, czyli od dnia zapłaty podatku akcyzowego w kwocie większej od należnej do dnia zapłaty przez urząd. Organ odmówił zapłaty odsetek i sprawa trafiła do sądu.

Przed wojewódzkim sądem administracyjnym spółka sprawę wygrała. Jednak dyrektor izby celnej złożył skargę kasacyjną. Według niego w tej sprawie do zwrotu podatku nie można stosować art. 78 Ordynacji podatkowej regulującego oprocentowanie nadpłat. Podstawy prawnej do tego nie ma również w żadnej innej ustawie. NSA zgodził się z tym i uchylił korzystny dla spółki wyrok sądu pierwszej instancji.

Sędzia Cezary Pryca podkreślił, że nie można zrównywać instytucji nadpłaty podatku z instytucją zwrotu. Ordynacja podatkowa wyraźnie rozgranicza instytucję zwrotu podatku od nadpłaty podatku poprzez ich odrębne zdefiniowanie.

Wyrok jest prawomocny.