Uchwała dotyczyła zasad obliczania tzw. proporcji sprzedaży. Zgodnie z podstawową zasadą rozliczenia VAT firma może pomniejszyć kwotę podatku należnego (ze sprzedaży) o kwotę podatku naliczonego (od zakupów) w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych (np. z działalności gospodarczej). Gdy podatnik wykonuje czynności z prawem do odliczenia i czynności bez tego prawa, ma obowiązek stosowania właśnie współczynnika sprzedaży. Polega to na odrębnym określeniu kwot podatku naliczonego od tych dwóch grup czynności. Jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie tych kwot, podatnik może pomniejszyć podatek należny o taką część podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których przysługuje mu odliczenie.

A co w sytuacji, gdy firma wykonuje nie tylko czynności objęte VAT (w tym opodatkowane tym podatkiem i zwolnione z niego), ale również takie, które w ogóle pozostają poza zakresem systemu VAT?

Według Ministerstwa Finansów, ustalając proporcję, w mianowniku powinno się uwzględniać całkowity obrót podatnika, czyli nie tylko z czynności objęte VAT, ale także pozostające poza jego zakresem.

NSA, wydając uchwałę powołał się na wyrok Trybunału Sprawiedliwości UE z 13 marca 2008 r. w sprawie Securenta (C-437/06).

Sędzia Janusz Zubrzycki podkreślił, że jeśli dyrektywa nie określa metod lub kryteriów, jakimi powinny posługiwać się państwa członkowskie przy dokonywaniu podziału podatku naliczonego od działalności o charakterze gospodarczym od innych, to kwestia ta należy do swobodnej oceny poszczególnych państw UE. Jeśli więc polski ustawodawca nie wprowadził takiego przepisu, który pozwoliłby stwierdzić, że przy wyliczaniu proporcji uwzględnia się czynności niepodlegające VAT, to istniejących przepisów nie można interpretować rozszerzająco.

Uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego w składzie siedmiu sędziów z 24 października 2011 r., sygn. akt I FPS 9/10.