Zgodnie z art. 93 ust. 2 Ordynacji podatkowej (oraz art. 492 ust. 1 kodeksu spółek handlowych) spółka przejmująca przejmuje wszystkie prawa i obowiązki spółki przejmowanej. Oznacza to, że, co do zasady, powinna ona rozpoznać przychody i koszty przejętej spółki (z niezakończonego roku podatkowego, w którym nastąpiło przejęcie) jako własne przychody i koszty podatkowe. Jednak w przypadku wydatków związanych z samym przejęciem organy podatkowe i sądy administracyjne konsekwentnie stoją na stanowisku, że nie stanowią one kosztów uzyskania przychodów, ponieważ nie wiążą się z przychodem osiąganym przez podatnika.

Sądy zgadzają się z twierdzeniem, że spółka przejmująca będzie generować przychody podatkowe z wykorzystania majątku spółki przejmowanej. Stwierdzają natomiast, że w związku z przejęciem nastąpi rozwiązanie spółki przejmowanej, a tym samym z dniem wykreślenia z rejestru przestanie być ona podatnikiem CIT. W efekcie analizowane wydatki będą służyły nie zachowaniu, ale likwidacji źródła przychodów, zatem nie mogą być kosztem.

Odmienna interpretacja przepisów sugerowałaby, że w drodze przejęcia poprzednik prawny nabywa prawa (przychody) swojego następcy prawnego, co nie mieści się w rozumieniu art. 93 Ordynacji podatkowej. Potencjalnie możliwa jest do zastosowania również inna linia argumentacji, bazująca na stanowisku organów podatkowych odnośnie do kosztów podwyższenia kapitału zakładowego, o ile połączeniu towarzyszy podwyższenie kapitału spółki przejmującej.

Opisane powyżej podejście sądów jest moim zdaniem błędne i nieuzasadnione zarówno z punktu widzenia prawnego, jak i ekonomicznego, choć jest ono silnie i konsekwentnie reprezentowane w orzecznictwie. Przez to rozpoznanie kosztów związanych wyłącznie z procesem przejęcia jako kosztów uzyskania przychodów spółki przejmowanej jest obarczone ryzykiem zakwestionowania u podatników.