Przepisy regulujące kontrolę podatkową nakładają na organy obowiązek prowadzenia kontroli w obecności kontrolowanego lub osoby upoważnionej do jego reprezentowania.

– Również samo wszczęcie kontroli powinno być dokonane przez doręczenie upoważnienia kontrolowanemu, a zatem w jego obecności – wskazuje Michał Goj, starszy menedżer w Ernst & Young.

W praktyce mogą zdarzyć się przypadki, gdy podatnik jest nieobecny – np. z powodu choroby. Wprowadzona instytucja zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli stanowi w takich przypadkach doskonałe narzędzie, które umożliwia podatnikowi poinformowanie organu o przeszkodach w podjęciu kontroli i uzgodnienie innego terminu.

– Jeśli nie ma okoliczności przemawiających za natychmiastowym podjęciem kontroli (przedawnienie, podejrzenie przestępstwa), organ powinien zgodzić się na przesunięcie kontroli – uważa Michał Goj.

Zdaniem eksperta, nieobecność podatnika nie stanowi przy tym absolutnej przeszkody do wszczęcia kontroli. W takim przypadku organ musi jednak zadbać o obecność świadka – najlepiej w osobie funkcjonariusza publicznego.

– Podobnie jeśli choroba zdarzy się w trakcie kontroli, organ może nadal prowadzić czynności kontrolne, które nie wymagają obecności kontrolowanego (np. analiza przekazanych już faktur, zestawień) – dodaje nasz rozmówca.

Wskazuje też, że z uwagi na dobro kontroli powinien powstrzymać się jednak od podejmowania nowych czynności kontrolnych, które teoretycznie mogłyby być przeprowadzone w obecności niezależnego świadka. Organ nic na tym nie traci, ponieważ okresów, w których prowadzenie kontroli było niemożliwe z uwagi na nieobecność kontrolowanego, nie wlicza się co do zasady do limitu czasu trwania kontroli przedsiębiorców.