Nowelizacja ustawy o VAT, którą w tym tygodniu zajmuje się Sejm, zakłada odejście od zakazu odliczania podatku naliczonego, jeżeli udział obrotów opodatkowanych w obrotach ogółem nie przekroczył w poprzednim roku 2 proc. Zmiana dotyczy podatników, którzy wykonują zarówno czynności, w związku z którymi przysługuje im prawo do odliczenia podatku naliczonego, jak i czynności zwolnione.

Jak wyjaśnia dr Krzysztof Biernacki, doradca podatkowy w Rödl & Partner, obowiązujące przepisy ograniczają prawo podatników do proporcjonalnego odliczenia VAT, gdy udział sprzedaży zwolnionej w całości sprzedaży podatnika, ustalony zgodnie z art. 90 ustawy o VAT (Dz.U. z 2004 r. nr 54, poz. 535 z późn. zm.), jest wyższy niż 98 proc. Dla potrzeb odliczenia podatku naliczonego przyjąć należy, że cała sprzedaż ma charakter zwolniony.

– Oznacza to, że sprzedaż opodatkowana na poziomie 2 proc. nie przekłada się u podatników na możliwość odliczenia proporcjonalnej części podatku naliczonego – mówi Krzysztof Biernacki.

Na niezgodność tych przepisów z Dyrektywą 2006/112/WE wskazywało krajowe orzecznictwo sądowe, m.in. NSA w wyroku z 13 kwietnia 2010 r. (sygn. akt I FSK 532/09).

Ponadto w nowelizacji uściślono, że podatnik ma prawo na odliczenia VAT naliczonego w całości, gdy proporcja przekroczyła 98 proc. oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania proporcji, w skali roku była mniejsza niż 500 zł.

Zdaniem Krzysztofa Biernackiego, mając na uwadze fakt, że kwota ta odnosi się do wartości podatku, a nie obrotu, wątpliwości budzi jej wysokość. Dla wielu małych podatników może być ona relatywnie wysokim progiem wartościowym, w praktyce uniemożliwiającym odliczenie podatku naliczonego.