Niektóre organy podatkowe, uznając, że w zakresie kosztów księgi podatkowe są nierzetelne, odmawiają im mocy dowodowej i dokonują oszacowania dochodu bez uwzględnienia wykazanych wydatków. Wskazane postępowanie organów podatkowych jest nieprawidłowe.

Zgodnie z art. 193 par. 2 Ordynacji podatkowej księgi podatkowe uważa się za rzetelne, jeżeli dokonywane w nich zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. Pojęcie rzetelności księgi podatkowej odnosi się do zgodności zapisów ze stanem rzeczywistym (faktycznym). Nie dotyczy natomiast oceny błędu co do prawa, tj. nieprawidłowego uznania danego wydatku za koszt podatkowy. Ponadto zgodnie z art. 193 par. 1 Ordynacji podatkowej księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Przepis ten przyznaje księgom podatkowym szczególną moc dowodową. Niedopuszczenie księgi jako dowodu wymaga obalenia domniemania jej zgodności z prawdą, przy czym jego ciężar spoczywa na organie podatkowym.

Stanowisko takie wyraził WSA w Warszawie w wyroku z 28 października 2010 r. (sygn. akt III SA/Wa 132/10). Sąd uznał, że nawet jeśli podatnik zaliczył do kosztów wydatki, których nie mógł uznać za koszty uzyskania przychodu, to organy podatkowe nie mają podstawy, aby uznać księgi podatkowe za nierzetelne. Sąd przypomniał, że księgi można uznać za nierzetelne, jeśli zniekształcają stan faktyczny. Błędy w stosowaniu przepisów nie wpływają natomiast na ich rzetelność. Naruszenie prawa materialnego przez podatnika, polegające na odliczeniu jako kosztów wydatków, które nie mogą być za takie uznane, nie jest nierzetelnością księgi, i to niezależnie od wielkości tego błędu w stosunku do wielkości przychodu. W przypadku nieskutecznego podważenia rzetelności księgi organy nie mogą określić podstawy opodatkowania w drodze szacowania.