Wstępując do Unii Europejskiej, Polska zobowiązała się implementować wspólnotowe rozwiązania prawne do systemu krajowego. Obowiązek ten odnosi się także do krajowych przepisów regulujących kwestię opodatkowania energii elektrycznej podatkiem akcyzowym. Obowiązująca wówczas Dyrektywa 2003/96 z 27 października 2003 r. przewiduje, że płatnikiem podatku akcyzowego od energii elektrycznej powinien być jej dystrybutor, a nie wytwórca – jak miało to miejsce zgodnie z polską ustawą o podatku akcyzowym.

Artykuł 18a ust. 9 wspomnianej dyrektywy nakładał na państwa członkowskie obowiązek harmonizacji przepisów w tym zakresie do 1 stycznia 2006 r. Nowelizacja polskiej ustawy o podatku akcyzowym dostosowująca regulację krajową w przedmiotowym zakresie weszła w życie dopiero 1 marca 2009 r.

Obowiązek zwrotu akcyzy nadpłaconej przez wytwórców energii w okresie między 1 stycznia 2006 r. a 1 marca 2009 r. wynika wprost z wyroku Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości w Luksemburgu, który w lutym 2009 r. orzekł o niezgodności polskich przepisów dotyczących akcyzy z prawem unijnym.

Większość toczących się przed sądami administracyjnymi spraw dotyczących zwrotu nadpłaconego podatku została jednak zawieszona do czasu rozstrzygnięcia przez Trybunał Konstytucyjny pytania postawionego przez Naczelny Sąd Administracyjny o konstytucyjność przepisów Ordynacji podatkowej w zakresie, w jakim regulują one kwestie nadpłat. W uzasadnieniu do postanowienia z 29 listopada 2010 r. (sygn. akt P 45/09) Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że brak jest w przepisach Ordynacji podatkowej uregulowań, które uzależniałyby zasadność zwrotu nadpłaty od poniesienia jego ekonomicznego ciężaru i umorzył postępowanie ze względu na niedopuszczalność wydania orzeczenia. Także NSA w uchwale z 13 lipca 2009 r. (I FPS 4/09) stwierdził, że przepis art. 72 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej nie stoi na przeszkodzie zwrotowi nadpłaty w podatku akcyzowym również wtedy, gdy ciężar podatku poniósł nabywca opodatkowanego towaru.

Nie wchodząc w polemikę z tymi rozstrzygnięciami, należy zwrócić uwagę na fakt, że realny ciężar zaistniałego zamieszania ponieśli jednak końcowi odbiorcy energii elektrycznej jako obciążeni kosztem akcyzy w cenie zakupionej energii.