Tylko w szczególnie uzasadnionych przypadkach okres zawieszenia w pełnieniu obowiązków służbowych można przedłużyć do czasu zakończenia postępowania. Jak wynika z interpelacji poselskiej (nr 19095), w praktyce przedłużanie okresu zawieszenia funkcjonariuszy jest normą, podobnie jak zwolnienia po upływie 12 miesięcy zawieszenia. MF w odpowiedzi na interpelację podkreśliło, że decyzje te nie mogą być podejmowane automatycznie, lecz z zachowaniem rygorów określonych w kodeksie postępowania administracyjnego.

Resort podał, że z informacji dyrektorów izb celnych wynika, że przy podejmowaniu decyzji o zawieszeniu, czy powrocie funkcjonariusza do pełnienia obowiązków służbowych, decydującym kryterium jest charakter postawionych zarzutów, a mianowicie zarzut popełnienia przestępstwa związanego z wykonywaniem obowiązków służbowych, w szczególności korupcja. Ministerstwo wyjaśniło, że w przypadku upływu 12 miesięcy zawieszenia funkcjonariusza w pełnieniu obowiązków służbowych, gdy nadal trwa postępowanie karne lub karne skarbowe, można zwolnić funkcjonariusza ze służby. Decyzja ta nie jest uzależniona od określonego etapu postępowania karnego ani też orzeczenia o winie funkcjonariusza, przeciwko któremu prowadzone jest postępowanie. W przypadku skazania funkcjonariusza celnego prawomocnym wyrokiem sądu za przestępstwo popełnione umyślnie lub umyślne przestępstwo skarbowe istnieje obligatoryjny nakaz zwolnienia ze służby.

Decyzje te podlegają kontroli instancyjnej, która należy do szefa Służby Celnej. Z kolei ostateczne decyzje szefa Służby Celnej podlegają kontroli sądów administracyjnych.