Ustawa o CIT posługuje się pojęciem kosztów bezpośrednio i pośrednio związanych z uzyskiwanymi przez podatnika przychodami. Zaliczenie wydatków do określonej kategorii kosztów ma istotne znaczenie dla zasad ich rozliczania. Podstawowy problem dotyczy okresu, w którym wydatki powinny zostać rozliczone. W przypadku zakwalifikowania wskazanych wydatków do kosztów bezpośrednich na podstawie art. 15 ust. 4 ustawy o CIT powinny one zostać zaliczone do kosztów uzyskania przychodów w roku podatkowym, w którym został uzyskany przychód z inwestycji. W sytuacji natomiast, gdy wydatki te zaliczane są do kosztów pośrednich (art. 15 ust. 4d i 4e ustawy o CIT) ich podatkowe rozliczenie powinno nastąpić w dacie ich poniesienia. W tym zakresie istotne wątpliwości powoduje m.in. sposób, w jaki należy rozliczać wydatki związane ze spłatą odsetek oraz rozliczaniem ujemnych różnic kursowych od kredytów zaciągniętych na realizację inwestycji.

Problem był rozstrzygany przez WSA w Warszawie (wyrok z 4 listopada 2009 r.; sygn. akt III SA/Wa 517/09). W wyroku sąd uznał, że wydatki poniesione przez dewelopera na obsługę kredytu zaciągniętego w walucie obcej, tj. zapłacone lub skapitalizowane odsetki, oraz zrealizowane ujemne różnice kursowe są bezpośrednio związane z budową obiektu. Zgodnie zatem z art. 15 ust. 4 ustawy o CIT należy je potrącić w tym roku podatkowym, w którym deweloper osiągnie przychód ze sprzedaży lokali mieszkalnych. Sąd odrzucił prezentowany przez ministra finansów pogląd, zgodnie z którym tego typu wydatki należy uznać za pośrednio związane z osiągnięciem przychodów i potrącić w dacie ich poniesienia.

Wskazany wyrok nie eliminuje wszystkich wątpliwości dotyczących kwalifikowania wydatków do kosztów pośrednich lub bezpośrednich, stanowi jednak ważny krok w kierunku ujednolicenia praktyki stosowania prawa podatkowego.