Procedura rejestracji nowego podmiotu gospodarczego w Polsce jest czasochłonna, dlatego tak istotna jest możliwość odliczenia VAT, który został zapłacony przed formalną rejestracją dla celów VAT. Problem jest szczególnie skomplikowany w przypadku spółek osobowych. Przed rejestracją spółki dla celów VAT działać mogą jedynie jej wspólnicy, co oznacza, że faktura dokumentująca zakup jest wystawiana na wspólników spółki, a nie na spółkę.

Początkowo organy podatkowe nie dopuszczały w ogóle możliwości odliczenia VAT naliczonego sprzed rejestracji. W ostatnich latach, głównie za sprawą doktryny i wyroków sądów administracyjnych, zaczął jednak dominować pogląd, że dla prawa do odliczenia podatku naliczonego istotny jest nie tyle moment poniesienia kosztu VAT naliczonego, ile moment skorzystania z prawa do odliczenia. Istotne jest, aby podatnik skorzystał z prawa do odliczenia po rejestracji dla celów VAT, tj. złożył deklarację, w której wykaże podatek naliczony po rejestracji, nawet jeśli deklaracja dotyczy okresu sprzed rejestracji.

Kwestia ta budzi jednak nadal kontrowersje, czego dowodem jest decyzja NSA, który na posiedzeniu z 31 marca 2010 r. zdecydował o skierowaniu do Trybunału Sprawiedliwości UE pytań prejudycjalnych w tej sprawie (sygn. akt I FSK 408/09). Dotyczą one spółki jawnej, która dokonała zakupów inwestycyjnych przed rejestracją dla celów VAT. Po zarejestrowaniu postanowiła odliczyć VAT naliczony, zapłacony przy dokonywaniu tych zakupów. Organy podatkowe oraz sąd I instancji uznały, że nie jest to niemożliwe. Na skutek skargi kasacyjnej NSA skierował pytania prejudycjalne w sprawie możliwości odliczenia wydatków poczynionych przed formalną rejestracją, a także dopuszczalności takiego odliczenia, gdy faktura dokumentująca wydatki została wystawiona na wspólników, a nie na spółkę.

Marcin Chomiuk, dyrektor w PricewaterhouseCoopers