Jedna z nich jest zasadą ogólną (podstawową) prawa unijnego wynikającą z art. 5 Traktatu Unii Europejskiej. Bardzo trafnie opisuje tę zasadę proporcjonalności ETS w wyroku w sprawie Sosnowska (C-25/07): państwa członkowskie muszą zgodnie z zasadą proporcjonalności stosować środki, które umożliwiając im efektywne osiąganie takiego celu, jednocześnie w jak najmniejszym stopniu zagrażają celom i zasadom wynikającym z odpowiednich przepisów wspólnotowych, takim jak zasada podstawowa prawa do odliczenia VAT. Z orzeczenia tego wynika również, że niezgodne z zasadą proporcjonalności są takie środki prawne mające na celu zwalczanie nadużyć podatkowych, które uniemożliwiają podatnikom uwolnienie się od ich stosowania, nawet jeśli wykażą brak ryzyka takich nadużyć w ich przypadku.

Druga z tych zasad jest to zasada proporcjonalności VAT. Wynika z art. 1 Dyrektywy 2006/112, zgodnie z którym zasada wspólnego systemu VAT polega na zastosowaniu do towarów i usług ogólnego podatku konsumpcyjnego dokładnie proporcjonalnego do ceny towarów i usług, niezależnie od liczby transakcji, które mają miejsce w procesie produkcji i dystrybucji poprzedzającym etap obciążenia tym podatkiem.

Z zasady tej wynika, że VAT powinien być dokładnie proporcjonalny do ceny towarów i usług, co ma znaczenie przede wszystkim w kontekście obliczania podstawy opodatkowania. Pochodną tej zasady jest prawo podatnika do obniżania obrotu w przypadku obniżenia ceny, aby po korekcie podatek był nadal proporcjonalny do faktycznej ceny. Warto przy tym zauważyć, że obecne przepisy dotyczące korekty obrotu zawarte w art. 29 ust. 4a ustawy o VAT (uzależniające jego obniżenie od uzyskania potwierdzenia odbioru faktury korygującej przez nabywcę) poprzez swój nadmierny rygoryzm nie dość, że naruszają pierwszą z opisanych zasad proporcjonalności (będącą zasadą ogólną prawa wspólnotowego), to naruszają też drugą z omawianych zasad – proporcjonalność VAT.