W związku z akcesją Polski do Unii Europejskiej zniesiony został podatek od czynności cywilnoprawnych z tytułu pożyczek udzielanych spółce przez jej udziałowców. Podatek taki sprzeczny jest z Dyrektywą Rady nr 69/335/EWG, dotyczącą podatków od gromadzenia kapitału. Mimo to został on wprowadzony w Polsce ponownie w 2007 roku.

Organy podatkowe zasadniczo stoją na stanowisku, że pobieranie podatku od pożyczek nie narusza regulacji unijnych dyrektyw. Powołując się na przepisy przejściowe dyrektyw, uznają, że pozwalały one na opodatkowanie transakcji kapitałowych, pod warunkiem że 1 lipca 1984 r. nie były one zwolnione z opodatkowania lub opodatkowane stawką niższą niż 0,5 proc. Sytuacja taka dotyczy pożyczek wspólników, a zatem dopuszczalne było ich opodatkowanie.

Ze stanowiskiem takim nie zgodził się WSA, który w wyroku z 11 września 2009 r. (sygn. akt III SA/Wa 619/09) uznał, że podatek pobrany od udziałowca spółki na podstawie przepisów obowiązujących od 2007 roku pobrany został nielegalnie i powinien zostać zwrócony jako nadpłata. W opinii sądu rozstrzygnięcie analizowanej kwestii nie zależy od faktu, czy pożyczki podlegały zwolnieniu czy też nie w roku 1984. Zasadnicze znaczenie ma natomiast obowiązek przestrzegania zasady stałości (standstill).

Celem dyrektywy jest wspieranie swobodnego przepływu kapitału, w szczególności poprzez możliwość uzyskania zwolnienia z podatku kapitałowego. Celu takiego nie realizuje państwo członkowskie, które w momencie przystąpienia do UE zwalnia z podatku kapitałowego określoną transakcję, a po dwóch latach ponownie wprowadza jej opodatkowanie. Taka niestabilność regulacji nie służy wspieraniu swobodnego przepływu kapitału, a ponowne wprowadzenie opodatkowania narusza podstawowy cel dyrektywy, którym jest doprowadzenie do zwolnienia z podatku kapitałowego.