Każdy podatnik uprawniony do ulgi prorodzinnej, który będzie chciał skorzystać z przysługującej preferencji, musi złożyć samodzielnie roczne zeznanie podatkowe. Płatnik, np. pracodawca, już go w tym nie wyręczy. Od rozliczeń podatkowych za 2009 rok zlikwidowana została możliwość odliczenia ulgi prorodzinnej w rocznym obliczeniu podatku sporządzanym przez płatnika na wniosek podatnika PIT-40.

Ulgę można odpisać od podatku w zeznaniach PIT-36 i PIT-37, a zatem składanych przez podatników rozliczających się na ogólnych zasadach, według skali podatkowej.

Do zeznania trzeba dołączyć załącznik PIT/O stanowiący informację o odliczanych ulgach, w którym należy podać liczbę dzieci oraz kwotę ulgi (część C), a ponadto dane dziecka i miesiące, za które przysługuje odliczenie (część E). W rozliczeniu podatkowym za ten rok maksymalnie można odliczyć 1112,04 zł (w przypadku wychowywania dziecka przez cały rok).

Skorzystanie z wysokiej ulgi prorodzinnej zwykle skutkuje powstaniem nadpłaty podatku. Możliwość odliczenia ulgi przez płatnika zlikwidowano dlatego, że ekonomiczny ciężar zwrotu tych nadpłat często musiał ponosić pracodawca rozliczający swoich pracowników. Podatnik, który zamierza z ulgi skorzystać, musi samodzielnie złożyć zeznanie podatkowe. Jeżeli tego nie zrobi i powierzy roczne obliczenie podatku pracodawcy, będzie mógł odliczyć ulgę, składając korektę rocznego zeznania.