Cudzoziemiec, który jest osobą fizyczną prowadzącą działalność na terenie więcej niż jednego województwa, lub uzyskującą dochody z tytułu m.in. usług transportowych będzie się rozliczał nie w Drugim (tak jak było do tej pory), ale w Trzecim Urzędzie Skarbowym Warszawa-Śródmieście. Natomiast w przypadku opodatkowania podatkiem od osób prawnych cudzoziemców rozliczą się oni w Pierwszym Mazowieckim Urzędzie Skarbowym. Wyjątek stanowi sytuacja, w której podatnik cudzoziemiec będzie uzyskiwał dochody na terenie więcej niż jednego województwa, od których płatnicy pobierają zryczałtowany podatek dochodowy od osób prawnych. Wówczas właściwi miejscowo będą naczelnicy wyspecjalizowanych, tzw. dużych urzędów skarbowych.

Właściwość miejscową organów podatkowych ustalać się będzie w sprawach: opłaty targowej – według miejsca położenia targowiska, opłaty miejscowej i uzdrowiskowej – według położenia miejscowości, w której jest pobierana opłata, oraz opłaty od posiadania psów – według miejsca zamieszkania osoby fizycznej posiadającej psa.

Rozporządzenie ministra finansów z 13 listopada 2009 r. zmieniające rozporządzenie w sprawie właściwości organów podatkowych (Dz.U. nr 195, poz. 1508) wchodzi w życie 1 stycznia 2010 r.