Tak zasadnicza zmiana, jak ta dotycząca miejsca świadczenia usług dla celów VAT, również powinna takie uregulowania zawierać. Tymczasem, tradycyjnie, ustawa zmieniająca pozostawia sporą część kwestii występujących w okresie przejściowym poza swoim zakresem.

Przepisem, który będzie najbardziej istotny z punktu widzenia polskiego podatnika nabywającego usługi w okresie przejściowym, jest art. 5 ustawy zmieniającej. Regulacja ta przewiduje, że w stosunku do usług, których nabycie skutkuje koniecznością rozpoznania tzw. importu usług, wykonanych przed dniem wejścia w życie nowelizacji ustawy, obowiązek podatkowy powstanie zgodnie z dotychczasowymi zasadami. Warto zwrócić uwagę, że konstrukcja tego przepisu nie pozwala na jednoznaczne rozstrzygnięcie kwestii opodatkowania usług niewykonanych przed 1 stycznia 2010 r., w stosunku do których jednakże obowiązek podatkowy już powstał (np. w przypadku, kiedy polski podatnik dokonał już części/całości zapłaty na poczet świadczenia usług). W praktyce może to prowadzić do wątpliwości, czy obowiązek podatkowy w imporcie usług powstanie jeszcze raz, zgodnie z nowymi zasadami powstania obowiązku podatkowego, w momencie ich wykonania. Przykładowo w sytuacji kiedy zaliczka stanowiąca 100 proc. należności z tytułu usług doradczych została zapłacona w grudniu 2009 r. i w tej części został rozpoznany obowiązek podatkowy z tytułu importu usług, a wykonanie tych usług nastąpiło dopiero w kolejnym roku, może powstać wątpliwość, czy zgodnie z nowymi przepisami w styczniu 2010 r. istnieje obowiązek ponownego rozpoznania importu usług w stosunku do całości nabytych usług.

Należy jednocześnie zauważyć, iż w ustawie zmieniającej nie uwzględniono analogicznych przepisów regulujących sytuację podmiotu świadczącego usługę w okresie przejściowym, tj. gdy polski podatnik świadczy usługę na rzecz podatnika zagranicznego na przełomie 2009 i 2010 roku.

Brak odpowiednich przepisów w praktyce będzie powodować wątpliwości co do zasad opodatkowania usług wykonanych przed 1 stycznia 2010 r., dla których obowiązek podatkowy jeszcze nie powstał. Można tu wskazać na przykład sytuację, w której usługi na ruchomym majątku rzeczowym wykonane do 31 grudnia 2009 r. przez polskiego usługodawcę na rzecz podatnika z innego kraju UE (np. wymiana części samochodowych) zostaną zafakturowane już pod rządami nowych przepisów. Zgodnie z obecnymi zasadami usługi te co do zasady podlegają opodatkowaniu na terytorium Polski wg stawki 22 proc., natomiast zgodnie z nowymi zasadami miejscem opodatkowania będzie automatycznie kraj siedziby nabywcy usług (lub stałego miejsca prowadzenia działalności) – czyli usługi te nie będą podlegały opodatkowaniu w Polsce.