Nie jest możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy), bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego.

STAN FAKTYCZNY
Spór dotyczył zwrotu nadpłaty podatku dochodowego od osób fizycznych za 2000 rok. Sąd I instancji wskazał, że wniosek skarżących o stwierdzenie nadpłaty podatku został rozpatrzony przez organy podatkowe bez przeprowadzenia kontroli źródłowej ksiąg i prawidłowości deklarowania wysokości dochodu. Zarzucił też organom inne naruszenia procesowe.
Argumenty te podzielił Naczelny Sąd Administracyjny, który oddalił skargę kasacyjną organu podatkowego. NSA zauważył, że ustawodawca w Ordynacji podatkowej wprowadził dwie odrębne procedury podatkowe. Pierwszą odnoszącą się do określania zobowiązań podatkowych oraz drugą w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Procedury te w 2003 roku obowiązywały niezależnie, jedna od drugiej. Te dwa tryby postępowań nie wykluczają się wzajemnie, lecz w istocie uzupełniają się. Niewątpliwie jednak postępowanie w sprawie określania zobowiązań podatkowych ma charakter procedury zasadniczej (pierwotnej) w stosunku do postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Dlatego też w niektórych sytuacjach podatkowych stanów faktycznoprawnych ten rodzaj postępowania ma charakter wtórny. Powinien być poprzedzony przeprowadzeniem postępowania w sprawie określania zobowiązań podatkowych. Dzieje się tak zwłaszcza wówczas, gdy zobowiązanie podatkowe powstaje z mocy prawa i wnioskodawca wszczyna postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty, tak jak ma to miejsce w przedmiotowej sprawie.
Jak zauważył ponadto NSA niestety obowiązujące regulacje Ordynacji podatkowej nie dają możliwości połączenia obu wszczętych i prowadzonych postępowań, tj. sprawy nadpłaty i sprawy określenia zobowiązania podatkowego. Nie ma zatem prawnej możliwości połączenia tychże spraw podatkowych. Niestety żadna z obowiązujących regulacji prawnych nie daje również możliwości organowi podatkowemu zawieszenia postępowania podatkowego w sprawie nadpłaty do czasu rozstrzygnięcia sprawy określenia wysokości zobowiązania podatkowego prowadzonej przez ten sam organ. Podstawa prawna do zawieszenia sprawy nadpłaty mogłaby zaistnieć dopiero wówczas, gdyby strona wniosła odwołanie od decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. W takiej sytuacji organ podatkowy I instancji, odpowiednio przed upływem terminu załatwienia sprawy nadpłaty, powinien w formie postanowienia przedłużyć termin załatwienia tejże sprawy podatkowej. W ocenie NSA nie ma przeszkód prawnych do wielokrotnego przedłużenia terminu załatwienia sprawy, jeżeli jest to usprawiedliwione okolicznościami sprawy. Zdaniem sądu nie jest więc możliwe orzekanie przez organy podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty (pozytywnie lub negatywnie dla wnioskodawcy) bez uprzedniego określenia podatnikowi wysokości zobowiązania podatkowego. Decyzja wydana przez organ podatkowy I instancji w sprawie nadpłaty, musi uwzględniać sentencję rozstrzygnięcia w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego i z pewnością rozstrzygnięcie to będzie w konsekwencji miało wpływ na treść rozstrzygnięcia w sprawie nadpłaty i jego podstawę prawną.
Wyrok NSA z 22 lutego 2007 r., niepublikowany
SYGN. AKT II FSK 346/06
ALEKSANDRA TARKA