Nowelizacja ustawy o VAT, która weszła w życie 1 grudnia 2008 r., wprowadziła rozwiązania, dzięki którym wspólnikom zlikwidowanej spółki cywilnej przysługuje prawo do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym. Prawo takie wynika z art. 14 ust. 9a – 9j ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 ze zmianami od 1 grudnia 2008 r.) oraz art. 133 par. 2a Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.). Zgodnie z art. 14 ust. 9a ustawy o VAT osobom, które były wspólnikami spółek cywilnych, w dniu ich rozwiązania przysługuje prawo zwrotu różnicy podatku wykazanego w deklaracji podatkowej za okres, w którym te spółki były podatnikami zarejestrowanymi, jako podatnicy VAT czynni. A zatem wspólnicy spółek cywilnych zlikwidowanych po 1 grudnia 2008 r., i w których w momencie likwidacji pozostawała kwota VAT do zwrotu, mogą odzyskać podatek. Jak potwierdził ostatnio WSA w Krakowie (sygn. akt I SA/Kr 616/09, nieprawomocny) prawo takie przysługuje także wspólnikom zlikwidowanych spółek w stanie prawnym sprzed 1 grudnia 2008 r.

Zmiana linii orzeczniczej

W wyroku WSA w Krakowie zwrócił uwagę na zmianę linii orzeczniczej Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w wyroku z 17 marca 2009 r. (sygn. akt I FSK 148/08) uznał, że pomimo utraty bytu prawnego byli wspólnicy spółki cywilnej mają prawo do zwrotu różnicy podatku naliczonego nad należnym za okres rozliczeniowy, w którym spółka była czynnym podatnikiem VAT. Prawo to – uzasadniał NSA – ze względu na formalną likwidację spółki cywilnej realizowane jest przez byłych wspólników spółki. Wcześniej NSA w wielu wyrokach (np. sygn. akt I FSK 629/07, I FSK 923/07) uznawał, że po likwidacji spółki cywilnej zwrot VAT byłym wspólnikom nie jest możliwy ze względu na brak tożsamości podmiotowej spółki i wspólników, a także brak następstwa prawnego wspólników zlikwidowanej spółki cywilnej uregulowanego w Ordynacji podatkowej.

Zmiana linii orzeczniczej NSA, a w konsekwencji przyznanie prawa do zwrotu różnicy VAT wspólnikom zlikwidowanej spółki cywilnej, wynika z orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego (sygn. akt P 80/08). W marcu tego roku uznał on, że przepisy Ordynacji podatkowej w zakresie, w jakim nie regulują trybu złożenia korekty deklaracji i wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług przez byłych wspólników rozwiązanej spółki cywilnej będącej podatnikiem tego podatku, są niezgodne z art. 2 w związku z art. 64 ust. 1 konstytucji. Trybunał zwrócił uwagę na niekonsekwencję ustawodawcy, który potrafił stworzyć mechanizmy prawne korzystne dla Skarbu Państwa, pozwalające na wyegzekwowanie należności podatkowych po zlikwidowaniu spółki cywilnej, a nie stworzył mechanizmów, które pozwalałyby na odzyskanie różnicy VAT przez wspólników zlikwidowanej spółki.

W rezultacie wyroku Trybunału NSA oraz wojewódzkie sądy administracyjne zaczęły orzekać na korzyść wspólników spółek zlikwidowanych przed 1 grudnia 2008 r.