Osoby fizyczne, które po rozliczeniu zeznania rocznego uzyskały nadpłatę, nie odzyskają pieniędzy natychmiast. Organ podatkowy ma trzy miesiące na zwrot nadpłaconego podatku. W tym okresie pieniądze nie podlegają oprocentowaniu.

W przypadku zeznania rocznego dla podatku dochodowego nadpłata powstaje z chwilą jego złożenia. Ma to znaczenie dla wysokości odsetek w przypadku ewentualnego opóźnienia w zwrocie nadpłaty. Prawo do odsetek podatnik nabywa dopiero po przekroczeniu przez organ terminu zwrotu. Jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie trzech miesięcy od dnia złożenia zeznania, oprocentowanie przysługuje od dnia powstania nadpłaty do dnia zwrotu. W przypadku zeznań rocznych dzień powstania nadpłaty jest równoznaczny z dniem złożenia zeznania. W przypadku złożenia PIT osobiście w urzędzie będzie to data potwierdzona przez urzędnika. Można mieć wątpliwości, jaką datę przyjąć za złożenie zeznania i powstanie nadpłaty, gdy podatnik wysyła zeznanie pocztą. Przepisy wprost nie rozstrzygają tej kwestii. Wydaje się, że będzie to data ze stempla pocztowego, a nie moment, kiedy list faktycznie dotrze do urzędu. Zgodnie z procedurą podatkową termin uważa się za zachowany, jeżeli przed jego upływem pismo zostało nadane w polskiej placówce pocztowej operatora publicznego. Skoro o tym, czy zeznanie przesłane listem poleconym zostało złożone w terminie, decyduje data ze stempla pocztowego, to na tej podstawie należy ustalać dzień powstania nadpłaty.

Przepisy jasno określają, kiedy następuje zwrot nadpłaty. Za dzień zwrotu nadpłaty uważa się dzień obciążenia rachunku bankowego organu podatkowego na podstawie polecenia przelewu, złożenia przekazu pocztowego, wypłacenia kwoty nadpłaty przez organ podatkowy lub postawienia nadpłaty do dyspozycji podatnika w kasie.

W przypadku podatników niemających obowiązku posiadania konta zwrot następuje w gotówce. Jednak organ ma obowiązek dokonania przelewu, jeśli zażądają zwrotu nadpłaty na rachunek bankowy.

Nadpłata, której wysokość nie przekracza kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, podlega zwrotowi wyłącznie w kasie, a zwracana przekazem pocztowym zostanie pomniejszona o koszty jej zwrotu.