Z formalnego punktu widzenia lekarz oraz inne osoby, które zdecydują się na własny rachunek leczyć pacjentów lub opiekować się nimi, mogą korzystać ze zryczałtowanych form opodatkowania – karty podatkowej oraz ryczałtu od przychodów ewidencjonowanych. W większości przypadków jest to jednak naprawdę tylko formalne prawo wyboru. Po pierwsze, dlatego że zryczałtowane formy podatku dochodowego w tym zakresie ograniczają się wyłącznie do osób działających na zasadzie wykonywania wolnego zawodu, a definicja tej formy bardzo zawęża krąg uprawnionych podmiotów. Po drugie, w przypadku chętnych na ryczałt odstraszająca jest obligatoryjna stawka 20 proc. podatku od przychodów, i to bez prawa o pomniejszanie podstawy przed opodatkowaniem o koszt ich uzyskania.

Tylko księga przychodów

W konsekwencji lekarze, którzy zdecydują się na podjęcie lub kontynuowanie swojej aktywności zawodowej na podstawie kontraktu zawartego z Narodowym Funduszem Zdrowia, tak naprawdę muszą rozliczać się z fiskusem z podatku dochodowego wyłącznie na podstawie podatkowej księgi przychodów i rozchodów. Mogą wówczas jedynie wybrać, czy pozostaną przy płaceniu PIT według skali podatkowej, czy zdecydują się na podatek w stałej wysokości 19 proc.

Prawo do takiego wyboru może być jednak ograniczone w przypadku lekarzy lub innych osób z zawodów medycznych, którzy przechodzą na kontrakt z etatu, a w ramach nowej umowy będą świadczyli usługi medyczne na rzecz tych samych podmiotów i w takim samym zakresie, jak uprzednio wynikało to z umowy o pracę. Zgodnie bowiem z wciąż obowiązującymi przepisami ustawy o PIT tacy podatnicy nie mogą skorzystać z podatku liniowego dla opodatkowania przychodów z pozarolniczej działalności gospodarczej ani w roku podatkowym, w którym następuje zamiana etatu na kontrakt, ani w roku następnym. Wkrótce jednak dojdzie do formalnej zmiany tego przepisu. Sankcja dotyczyć będzie wyłącznie konkretnego roku podatkowego.

Obecnie więc np. lekarz decydujący się na zmianę etatu na kontrakt powinien to uczynić najlepiej w grudniu. Obecnie bowiem z prawa do podatku liniowego nie będzie mógł korzystać maksymalnie 13 miesięcy. Gdy zaś dojdzie do zmiany przepisów, nadal najlepiej będzie przejść na kontrakt od stycznia kolejnego roku. Wówczas bowiem, jeśli kontrakt zastąpi etat, sankcja zakazująca korzystania z podatku liniowego nie będzie miała praktycznego zastosowania, gdyż objęte nią będą tylko osoby, które w skali jednego roku podatkowego wykonują te same czynności na rzecz tego samego podmiotu i w ramach umowy o pracę, i w ramach kontraktu z NFZ.