Apteki, których przychody netto ze sprzedaży towarów, produktów i operacji finansowych za 2008 rok wyniosły co najmniej 4 089 960 zł, od 1 stycznia muszą prowadzić księgi rachunkowe. Dotyczy to osób fizycznych oraz spółek cywilnych i jawnych osób fizycznych i spółek partnerskich. Taki obowiązek wiąże się z koniecznością stworzenia specyficznego dla tej działalności planu kont, a także odpowiedniej polityki rachunkowości.

Ewa Sobińska, prezes zarządu ABES Audyt, podkreśla, że w tym przypadku należy zwrócić uwagę na ustalanie ewidencji analitycznej (analityczne konta księgowe). Warto zastanowić się nad podziałem kont w pozycji zapasów (magazyn leków i innych artykułów) i sprzedaży, aby była ona odpowiednia do informacji potrzebnych dla ewentualnych wewnętrznych i zewnętrznych zestawień i sprawozdań.

Z kolei przy ustalaniu zasad (polityki) rachunkowości należy wybrać metodę prowadzenia kont ksiąg pomocniczych dla grup rzeczowych składników aktywów obrotowych. Warto ustalić metodę odpisywania w koszty wartości towarów np. na dzień ich zakupu oraz przyjąć ustalanie stanu, ich wyceny oraz korekty kosztów nie później niż na dzień bilansowy. Można też tego typu składniki majątku ujmować w koszty każdego miesiąca według cen zakupu (cen ewidencyjnych).

- Dodatkowym problemem jest ustalenie przychodów ze sprzedaży leków refundowanych z NFZ - twierdzi Ewa Sobińska. Zwraca uwagę na zasadę współmierności kosztów i przychodów z ustawy o rachunkowości. Zgodnie z nią, przychód ze sprzedaży leków dotyczący zarówno kwoty utargu, jak i kwoty dopłaty z NFZ, powstaje w tym samym okresie sprawozdawczym co koszt sprzedanych towarów. Refundacja z NFZ będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem dochodowym w momencie wpływu dopłaty na rachunek bankowy apteki. Należy pamiętać, że jest ona przychodem ze sprzedaży, nie pozostałymi przychodami operacyjnymi (Przychody z dotacji).

Ewa Sobińska podkreśla również, że moment powstania obowiązku podatkowego ze sprzedaży leków i otrzymanej dopłaty różnią się. Podatek VAT będzie ustalany dwuetapowo, w momencie sprzedaży leków i otrzymania dotacji. Należy pamiętać, że kwotę podatku VAT należnego ujętego w dopłacie ewidencjonuje się w księgach rachunkowych na podstawie wystawionej faktury wewnętrznej.