Kwota kaucji gwarancyjnej, w razie wystąpienia określonej przez strony sytuacji, np. spóźnienia się z płatnością przez nabywcę, może się przekształcić w płatność z tytułu dostarczonego towaru lub wykonanej usługi. Skutki takie mogą wystąpić w razie podjęcia przez kontrahentów stosownej decyzji. Pojawia się w związku z tym wątpliwość, czy przekazanie takiej kaucji powinno być opodatkowane VAT.
Zgodnie z art. 29 ust. 1 ustawy o VAT podstawą opodatkowania jest obrót. Obrotem natomiast jest kwota należna z tytułu sprzedaży netto. Punktem wyjścia rozważań na temat opodatkowania kaucji gwarancyjnej musi więc być zawsze ustalenie tego, czy w rzeczywistości jest ona kwotą należną z tytułu dokonanej sprzedaży. Co do zasady tak jednak nie jest, bo funkcją kaucji gwarancyjnej jest zabezpieczenie interesów strony, nie zaś płatność z tytułu otrzymanych lub należnych świadczeń. Oznacza to, że samo przekazanie kaucji niewątpliwie nie będzie podlegać opodatkowaniu.
Jeżeli jednak funkcja gwarancyjna kaucji zostanie zrealizowana i przekształci się w płatność z tytułu dostarczonego towaru lub wykonanej usługi, wówczas kwota kaucji stanie się kwotą należną z tytułu dokonanej sprzedaży. Względnie stanowić może zaliczkę na poczet przyszłego świadczenia. W przypadku takiego przekształcenia kwota kaucji stanie się kwotą płatności (zaliczki) i w momencie, w którym straci charakter kaucji – podlegać będzie regulacjom ustawy o VAT. W praktyce może zrodzić obowiązek podatkowy wówczas, gdy zostanie przekształcona w zaliczkę (przedpłatę) na poczet przyszłego świadczenia.
Podsumowując, opodatkowaniu VAT nie będą podlegać kaucje gwarancyjne tak długo, jak długo pełnią one funkcje zabezpieczenia należności, a nie rzeczywistej zapłaty za towary lub usługi czy przedpłaty (zaliczki) na poczet przyszłych świadczeń.