Zobowiązania podatkowe przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności. W ustawie o podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC) znajduje się jednak przepis modyfikujący tę zasadę.
Instytucja przedawnienia zakłada, że podatnik, który nie zapłacił podatku, po upływie określonego czasu nie jest już obowiązany do uregulowania zaległości. Dzięki temu podatnik może być pewny, że błąd z przeszłości nie spowoduje konieczności zapłaty podatku np. po kilkudziesięciu latach.
W art. 3 ust. 1 pkt 4 ustawy o PCC (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 101, poz. 649 z późn. zm.), wyznaczono jednak specyficzny sposób powstawania obowiązku podatkowego, który w praktyce powoduje, że konieczność uiszczenia podatku może się nigdy nie przedawnić.
Zgodnie z tym przepisem, jeżeli podatnik nie złożył odnośnie do jakiejś czynności cywilnoprawnej, objętej PCC, deklaracji PCC-3 w terminie 5 lat od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku, a powołuje się on na dokonanie tej czynności przed organem podatkowym lub kontroli skarbowej – obowiązek podatkowy powstaje w chwili powołania się na tę czynność.
Obowiązek podatkowy dla takiej czynności może więc powstać aż dwa razy. Pierwszy raz w momencie dokonania danej czynności (na podstawie art. 3 ust. 1 pkt 1 – 3 ustawy o PCC) i drugi raz w przypadku gdy podatnik powoła się na tę czynność przed organem. Ten „drugi” obowiązek podatkowy powstanie bez względu na to, ile czasu minęło od dokonania tej czynności i przedawnienia się obowiązku zapłaty od niej PCC. Wyrokiem z 19 czerwca 2012 r. (sygn. akt P 41/10) Trybunał Konstytucyjny uznał wskazane przepisy i stworzony przez nie sposób uniknięcia przedawnienia zobowiązań podatkowych w PCC za zgodne z Konstytucją RP.
Jedynym pocieszeniem pozostaje to, że przy powstaniu drugiego obowiązku podatkowego nie zostaną nam naliczone odsetki za zaległość podatkową od daty dokonania takiej czynności.