Organy podatkowe zwykle twierdzą, że podatnik nie ma prawa zaliczyć takiego odszkodowania do kosztów uzyskania przychodu, z uwagi na brak wystarczającego związku między wydatkiem a przychodem ze sprzedaży nieruchomości. W opinii organów podatkowych decyzja o odstąpieniu od umowy najmu i zapłacie związanego z tym odszkodowania, podjęta w celu zawarcia korzystniejszej ekonomicznie umowy sprzedaży nieruchomości, jest elementem ryzyka, jakie wiąże się z prowadzeniem działalności gospodarczej i z jakim powinni liczyć się przedsiębiorcy.

Korzystne dla podatników stanowisko prezentują jednak sądy administracyjne. Uznają, że w przypadku gdy podatnik podejmuje decyzję o sprzedaży nieruchomości, gdyż transakcja taka jest dla niego korzystniejsza od czerpania pożytków z najmu, to nie ma podstaw do kwestionowania celowości działań zmierzających do realizacji umowy sprzedaży. Za koszty uzyskania przychodu uznaje się nie tylko koszty pozostające w bezpośrednim związku przyczynowo-skutkowym z osiąganym przychodem, ale także koszty związane z przychodem pośrednio. Koszty związane z rozwiązaniem umowy z najemcą i opuszczeniem przez niego lokalu są zdaniem sądów administracyjnych związane z umową sprzedaży, ponieważ służą jej realizacji.

W katalogu wydatków, które nie stanowią kosztów uzyskania przychodu, wskazane zostały kary umowne oraz odszkodowania z tytułu wad dostarczonych towarów, wykonanych robót i usług oraz zwłoki w usunięciu wad towarów albo wykonanych dóbr i usług. Brak jest natomiast odniesienia do odszkodowania za przedterminowe rozwiązanie umowy.

Ponieważ odszkodowanie za odstąpienie od umowy najmu pozostaje w związku z przychodem osiągniętym ze sprzedaży nieruchomości, to powinno stanowić ono koszt, co wynika z orzecznictwa sądów (np. wyroki NSA: z 27 stycznia 2003 r., sygn. akt III SA 1652/01 oraz 20 marca 2009 r., sygn. akt II FSK 1915/07).