Nowelizacja KSeF już uchwalona. Wciąż jednak budzi wątpliwości

Chociaż przepisy są już znane, nadal budzą kontrowersje. Pojawiają się nawet głosy, że w pewnej części mogą być niezgodne z unijną dyrektywą VAT.

KSeF po kolei

Nowelizacja zakłada, że obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pomocą KSeF wejdzie w życie etapami. Od 1 lutego 2026 r. ma dotyczyć największych firm, a od 1 kwietnia 2026 r. pozostałych przedsiębiorców, z wyjątkiem mikrofirm, których łączna wartość sprzedaży udokumentowanej fakturami nie przekroczy 10 tys. zł miesięcznie. Ci ostatni będą musieli stosować KSeF od 1 stycznia 2027 r.

Należy pamiętać, że wdrażanie etapami będzie dotyczyło wysyłania faktur za pomocą systemu, a nie ich odbierania. To oznacza, że niektórzy podatnicy będą musieli odbierać z KSeF ustrukturyzowane faktury, zanim jeszcze sami zaczną je wystawiać.

Na tym etapie dostęp do faktury nie będzie jeszcze wymagał wejścia na konto podatnika w KSeF – tłumaczyli w Sejmie przedstawiciele Ministerstwa Finansów.

W takiej sytuacji nabywca (przedsiębiorca niezobowiązany jeszcze do stosowania KSeF) otrzyma od podatnika wystawiającego ustrukturyzowane faktury (np. na stacji benzynowej, od firmy telekomunikacyjnej) dokument, który sam nie będzie fakturą, ale będzie zawierał kod, który po zeskanowaniu przekieruje do faktury znajdującej się w systemie.

Kolejność może być fikcją

Takie wyjaśnienia nie przekonują jednak części ekspertów.

– Moim zdaniem jest to fikcja, że duże przedsiębiorstwa zaczną wystawiać faktury w KSeF od lutego, a mniejsze dopiero od kwietnia 2026 r. – mówi Marcin Madej, doradca podatkowy w ITTax.pl.

Jego zdaniem, tak naprawdę każdy przedsiębiorca będzie musiał korzystać z KSeF już od lutego 2026 r.

– Każdy bowiem będzie musiał nauczyć się pobierać faktury z KSeF już od lutego, czyli w terminie, gdy jego duzi kontrahenci (np. firmy telekomunikacyjne, dostawcy prądu) zaczną wystawiać faktury w KSeF – mówi ekspert.

Dwa obowiązki naraz

Równie kontrowersyjna – zdaniem Marcina Madeja – jest zbieżność terminów wejścia w życie KSeF i obowiązkowego raportowania JPK_KR_PD dla dużych firm.

– To duże obciążenie, a Ministerstwo Finansów zdaje się w ogóle o tym nie pamiętać i bagatelizować sprawę. Mam wrażenie, że w ministerstwie prawa ręka nie wie, co robi lewa i brakuje tam spójnej komunikacji i „kolejkowania' coraz to nowych obciążeń dla podatników – komentuje ekspert.

Jak liczyć limit 10 tys. zł

Kontrowersje budzi też przepis o limicie 10 tys. zł brutto miesięcznie dla najmniejszych podatników – czy wliczane są do niego tylko faktury dla przedsiębiorców (B2B), czy również na rzecz konsumentów (B2C).

– Pojawiła się ciekawa, choć ryzykowna interpretacja, że limit odnosi się tylko do części sprzedaży i nie bierze się pod uwagę przy jego obliczaniu faktur wystawianych dla indywidualnych klientów – mówi Piotr Juszczyk, doradca podatkowy w InFakt.

Na ten sam problem zwróciła uwagę Janina Fornalik, partner, doradca podatkowy w MDDP. Jej wypowiedź zacytowaliśmy w poniedziałkowym dodatku dla prenumeratorów „Biuro Rachunkowe” (DGP nr 149/2025). Ekspertka dodała, że jest też inny problem z limitem 10 tys. zł – czy po przekroczeniu progu 10 tys. zł podatnik będzie miał obowiązek wystawiać w KSeF wszystkie faktury, w tym B2C, co wynika z brzmienia ust. 2 w powiązaniu z ust. 1?

– Stosując jednak wykładnię celowościową, można argumentować, że taki podatnik będzie zobowiązany do wystawiania w KSeF jedynie faktur B2B, co wynika z zasad ogólnych i z pewnością taka była intencja autora przepisów – dodała Janina Fornalik.

Potwierdza to stanowisko Ministerstwo Finansów, które zacytowaliśmy we wspomnianym dodatku do DGP. Zdaniem resortu „przepis zaprojektowany jest prawidłowo, a przedstawione zarzuty są bezpodstawne. Ust. 1 nawiązuje do „podatnika obowiązanego do wystawiania faktur ustrukturyzowanych”. Odniesienie do ust. 1 wskazuje, że chodzi o te faktury, które są objęte obowiązkowym KSeF, a nie np. faktury B2C, gdzie tego obowiązku nie będzie”.

Przypomnijmy, że do końca 2026 r. fiskus nie będzie jeszcze nakładał kar za nieprzestrzeganie przepisów o KSeF.

Tryb offline

Wątpliwości powstały też wokół wystawiania faktur w trybie offline. Nowelizacja zakłada, że będzie on mógł być stosowany w razie niedostępności KSeF oraz innych poważnych problemów ze stosowaniem tego systemu.

Eksperci zwracają uwagę na konsekwencje wprowadzenia trybu offline 24, czyli tego, który ma być stosowany na wypadek problemów po stronie podatnika. Tryb offline 24 umożliwi przekazanie odbiorcy wizualizacji faktury jeszcze przed wysłaniem jej do KSeF.

– To rozwiązanie może być kluczowe w branżach obsługujących klientów w ruchu (np. hotele, stacje paliw, sklepy), gdzie występują czasowe przestoje w dostępie do KSeF i mogą one sparaliżować proces sprzedaży – uważa Piotr Juszczyk.

Szerzej pisaliśmy o tym w artykule „KSeF: tryb offline jest potrzebny, ale już wywołuje pytania” (DGP nr 110/2025).

Co z odliczeniem VAT…

Wątpliwości powstały też wokół prawa do odliczenia VAT, gdy faktura zostanie wystawiona poza KSeF. Podniósł je m.in. na łamach DGP doradca podatkowy Wojciech Zajączkowski w artykule „Odliczanie VAT z faktur wystawionych poza KSeF. Są co do tego poważne wątpliwości” (DGP nr 119/2025).

Do tego również odniosło się Ministerstwo Finansów w stanowisku zacytowanym w dodatku „Biuro Rachunkowe” (DGP nr 149/2025).

Zdaniem resortu obawy są bezzasadne. „Art. 88 ustawy o VAT, który określa sytuacje wyłączające prawo do odliczenia podatku naliczonego, wraz z wejściem w życie obowiązkowego KSeF nie zmieniają się. Brak wystawienia faktury w KSeF pomimo istnienia takiego obowiązku nie jest przesłanką wyłączającą prawo do odliczenia podatku po stronie nabywcy (zakładając, że są spełnione pozostałe warunki odliczenia VAT)” – zapewniło MF.

Resort przypomniał, że zostały już wydane interpretacje podatkowe, które wskazują, że prawo do odliczenia podatku naliczonego nie jest w tym przypadku odbierane. Jako przykład podał interpretacje dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 4 marca 2025 r. (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA) i z 21 marca 2024 r. (sygn. 0112-KDIL1-3.4012.2.2024.2.KK).

Uwadze ekspertów nie uszło jednak to, że choć nowe przepisy jeszcze nie obowiązują, podatnicy już się boją i składają wnioski o interpretacje indywidualne.

…i zgodnością z dyrektywą?

Najdalej idący zarzut dotyczy ewentualnej niezgodności przepisów o KSeF z unijną dyrektywą VAT. Chodzi m.in. o art. 106gb ust. 5 ustawy o VAT, który miał obowiązywać już od lipca 2024 r.

– Wynika z niego, że „podatnik jest obowiązany do oznaczenia faktury ustrukturyzowanej kodem umożliwiającym dostęp do tej faktury w Krajowym Systemie e-Faktur oraz umożliwiającym weryfikację danych zawartych na tej fakturze” w przypadku jej wystawienia poza KSeF. Czy o takich obowiązkowych kodach na fakturze mowa jest w unijnej dyrektywie VAT? – pyta Zdzisław Modzelewski, doradca podatkowy i partner w GWW Tax.

Problemem może być również – zdaniem eksperta – przepis zakładający, iż za datę otrzymania faktury wystawionej w trybie offline 24 uznaje się datę przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w Krajowym Systemie e-Faktur. – Czy pozwala na to decyzja derogacyjna Komisji Europejskiej? – stawia pytanie ekspert. ©℗

KSeF to nie zwykłe przełączenie pstryczka

Największym wyzwaniem związanym z pracami legislacyjnymi nad wdrożeniem obowiązkowego KSeF jest niefortunny termin uchwalenia nowych przepisów (mamy przecież środek wakacji) oraz to, że mamy dopiero projekty rozwiązań technicznych, a nie działające już rozwiązania. Przykładowo, nowe przepisy mówią o nowym API, opublikowano jego dokumentację, ale firmy nie będą w stanie rozpocząć testów oprogramowania przed listopadem.

Problematyczne jest również to, że najnowsza schema faktury ustrukturyzowanej wejdzie do użycia dopiero w lutym 2026 r. Do tego czasu, jeżeli ktoś będzie chciał przejść na fakturowanie w KSeF, będzie musiał to zrobić na obecnej schemie, czyli w wersji 2.

Oznacza to, że jeżeli podatnik chce zacząć wcześniej fakturować elektronicznie, to musi wdrożyć rozwiązanie, które nie jest najnowsze. To duży dylemat zwłaszcza dla większych firm, bo dla nich to nie jest zwykłe „przełączenie pstryczka”. ©℗

Czeka nas ogromna transformacja cywilizacyjna

Faktury na nośniku papierowym oraz takie, które są przekazywane elektronicznie w innym formacie niż KSeF, będą szybko tracić na znaczeniu. Wyeliminowanie papieru skróci czas obsługi dokumentów i obniży koszty administracyjne.

Wszyscy przedsiębiorcy, niezależnie od skali działalności, muszą się do tego dostosować – im szybciej tym lepiej, bo w ten sposób wcześniej doświadczą korzyści, choć na początku pewnie nie będzie łatwo.

Powszechne fakturowanie elektroniczne obejmie wszystkie grupy przedsiębiorców, nawet tych prowadzących działalność w niewielkiej skali. Dla nich przygotowanie polega przede wszystkim na zapoznaniu się z przepisami i ich zrozumieniu. Następnie należy rozważyć, czy faktury możemy wystawiać i przyjmować tradycyjnie, jak dotychczas. Jeżeli przedsiębiorca wystawia do pięciu faktur miesięcznie i podobną ilość otrzymuje, to zapewne wystarczy skorzystanie z rozwiązań informatycznych KAS. Jeżeli skala jest większa, należy sprawdzić, jaką propozycję obsługi KSeF przygotował dostawca oprogramowania, które przedsiębiorca wykorzystuje w firmie.

Może się okazać, że trzeba będzie zmienić dotychczasowe sposoby obsługi faktur sprzedaży i zakupu, dostosowując je do niematerialnej postaci faktur obsługiwanych przez KSeF. ©℗