Przyjęty przez rząd projekt zmian dotyczących Krajowego Systemu e-Faktur nie likwiduje wątpliwości w zakresie prawa do odliczenia VAT przez nabywców otrzymujących faktury poza KSeF. W odniesieniu do transakcji z mikroprzedsiębiorcami wręcz takie problemy potęguje - ostrzega Wojciech Zajączkowski, ekspert podatkowy, szkoleniowiec.

Obowiązkowy Krajowy System e-Faktur (KSeF) zacznie obowiązywać od 1 lutego 2025 r. Przez pierwsze dwa miesiące (luty-marzec 2026 r.) będzie obowiązkowy dla podatników wystawiających faktury, których łączna wartość sprzedaży (wraz z podatkiem) przekroczyła w 2024 r. kwotę 200 mln zł. Pozostali podatnicy VAT czynni i zwolnieni będą zobowiązani do wystawiania faktur w KSeF od 1 kwietnia 2026 r. Natomiast sprzedaż realizowaną przy zastosowaniu kas rejestrujących, jak również transakcje dokonywane do końca 2026 r. przez tzw. mikroprzedsiębiorców, będzie można dokumentować fakturami wystawionymi poza KSeF w formie papierowej lub elektronicznej i w taki sposób doręczać je nabywcom.

Faktury poza KSeF: zniknął próg 450 zł

We wcześniejszych wersjach projektu nowelizacji (z listopada 2024 r. i kwietnia 2025 r.) zaproponowano, że mikroprzedsiębiorcy będą mogli wystawiać faktury poza KSeF, gdy wartość każdej z faktur nie przekroczy 450 zł brutto i równocześnie wartość wystawionych faktur przez mikroprzedsiębiorcę nie przekroczy miesięcznie kwoty 10 tys. zł brutto.

W aktualnej wersji projektu ustawy, w art. 145o Ministerstwo Finansów zrezygnowało z pierwszego progu. Pozostawiło jedynie drugi próg, tj. wartość wystawionych w okresie miesiąca faktur równą lub mniejszą niż 10 tys. zł brutto. W świetle art. 145o ust. 2 podatnik utraci prawo do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej, począwszy od faktury, którą przekroczono 10 tys. zł.

W uzasadnieniu do projektu z 12 czerwca 2025 r. ministerstwo napisało: „W efekcie w okresie przejściowym tj. do 31 grudnia 2026 r. podatnicy, u których wdrożenie KSeF może być problematyczne, a skala i wartość wystawianych faktur jest niewielka, mogą wystawiać faktury w postaci papierowej lub faktury elektroniczne, zamiast e-faktur.

Próg kwoty w wartości 10 tys. zł znajduje uzasadnienie w realizacji celu projektu KSeF, tj. digitalizacji procesów dokumentowania i rozliczeń podatku VAT przez przedsiębiorców, a z drugiej strony zachowuje możliwość późniejszego wprowadzenia obowiązku wystawiania faktur w KSeF dla podmiotów prowadzących działalność na niewielką skalę. Wprowadzenie wyższych wartości oddziaływałoby zarówno na tych podatników korzystających z tej możliwości (opóźnia to procesy wdrożenia KSeF u przedsiębiorców), jak i na innych przedsiębiorców objętych obowiązkiem KSeF, powodując, że byłyby one zobowiązane do prowadzenia podwójnego sposobu przyjmowania faktur – także inaczej niż przy użyciu KSeF.”.

To tzw. ułatwienie, czyli rezygnacja z progu 450 zł brutto wartości faktury, stanie się istotną komplikacją dla wszystkich podatników otrzymujących poza KSeF faktury wystawione przez jednego sprzedawcę do 10 tys. zł brutto miesięcznie. Wystawienie w okresie miesiąca faktury lub faktur na wyższą wartość spowoduje utratę prawa do wystawiania faktur elektronicznych oraz faktur w postaci papierowej, począwszy od faktury, którą tę wartość przekroczono.

Nie tylko mikroprzedsiębiorcy

Wyjaśnić należy, że projektowany art. 145o nie jest skierowany wyłącznie do mikroprzedsiębiorców w rozumieniu ustawy - Prawo przedsiębiorców (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 236 ze zm.). Każdy podatnik będzie mógł w okresie kwiecień-grudzień 2026 r. skorzystać z tej możliwości, jeżeli:

  • - jego sprzedaż na podstawie faktur jest niewielka;
  • - jego sprzedaż dokumentowana fakturami jest znaczna, ale pierwsza wystawiona w danym miesiącu faktura (lub kolejne) nie przekroczy 10 tys. zł i łączna ich wartość również nie przekroczy 10 tys. zł.

Faktury poza KSeF będzie mógł wystawiać nawet duży przedsiębiorca, objęty od lutego 2026 r. obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych, jeżeli tylko pierwszą fakturą w danym miesiącu, którą wystawi w okresie od kwietnia do grudnia 2026 r., będzie faktura na kwotę równą lub niższą niż 10 tys. zł.

W skrajnych przypadkach możliwe jest, że duży podatnik wystawi w listopadzie 2026 r. pierwszą i jedyną fakturę na kwotę do 10 tys. zł brutto w postaci elektronicznej, korzystając z możliwości, jaką daje projektowany art. 145p ustawy. Kolejne faktury w listopadzie 2026 r. oraz następne faktury wystawiane w grudniu 2026 r. nie będzie już mógł wystawiać w postaci elektronicznej lub papierowej.

Jest to spowodowane brakiem w ustawie o VAT, jak i w projekcie nowelizacji przyjętym przez rząd, normy ograniczającej podatnikowi możliwość wystawiania faktur poza KSeF (poza fakturami wystawionymi przy zastosowaniu kas fiskalnych, wystawionymi w trakcie awarii ogłaszanej w środkach społecznego przekazu, czy wystawianymi na rzecz konsumentów).

Będzie niepewność

Jednakże konsekwencją możliwości wystawiania faktur elektronicznych lub papierowych (a nie e-faktur przesyłanych do KSeF) będzie narastająca niepewność dotycząca możliwości odliczenia podatku naliczonego po stronie nabywcy.

W Dzienniku Gazecie Prawnej z 16 czerwca 2025 r. został opublikowany artykuł o możliwości odliczenia podatku z faktur otrzymanych od lutego 2026 r. poza KSeF (”Czy faktura wystawiona poza systemem pozbawi odliczenia?”, DGP nr 115/2025), nawet gdy sprzedawca będzie miał obowiązek przesłać je za pomocą KSeF. Z oczekiwaniami wynikającymi z tego tekstu chciałbym się zgodzić, jednak tezy tam zaprezentowane nie znajdują potwierdzenia w ostatnim projekcie ustawy.

W ustawie z 16 czerwca 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2023 poz. 1598) nie uchwalono przepisów uniemożliwiających odliczanie VAT, gdy faktura do podatnika została przesłana poza KSeF, a sprzedawca był zobowiązany do wystawienia faktury w tym systemie. Uchwalone przepisy wskazują jedynie na konieczność wystawienia przez podatników faktury ustrukturyzowanej przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (art. 106ga ust. 1).

Uwzględniając jednak projekt ustawy przyjęty przez rząd, należy dojść do wniosku, że otrzymana poza systemem KSeF faktura nie będzie dawała prawa do odliczenia. Podstawą takiego wniosku są w szczególności:

  • - art. 106nda ust. 1, z którego wynika, że podatnik obowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych może wystawiać faktury w postaci elektronicznej, zgodnie z wzorem udostępnionym na podstawie art. 106gb ust. 8 (a contrario podatnik ten nie może wystawić faktury innej niż przy użyciu KSeF),
  • - art. 106nda ust. 11, z którego wynika, że datą otrzymania faktury, o której mowa w ust. 1, uznaje się datę przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w KSeF, a także
  • - obowiązujący art. 106na ust. 3 wskazujący, że faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę.

Oczywiście i w tym zakresie przewidziano wyjątki, o których wcześniej wspomniałem. Chodzi o faktury wystawiane przez podmioty nieposiadające siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, czy też inne przypadki wymienione w projektowanym rozporządzeniu wykonawczym.

Co znamienne, brak możliwości odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF, gdy faktura powinna być wystawiona w tym systemie, znajduje potwierdzenie w uzasadnieniu projektowanej ustawy: „w każdym innym przypadku, tj. gdy nabywcą jest przedsiębiorca „krajowy” posługujący się NIP – fakturę wystawioną w trybie offline24 otrzymuje w KSeF. Nie przewiduje się wydania tego dokumentu nabywcy w inny sposób niż przy użyciu KSeF (zatem w zakresie ustalenia momentu powstania prawa do odliczenia u nabywcy uwzględnia się datę przydzielenia numeru identyfikującego tę fakturę w KSeF).”.

Również powoływanie się na obecne stanowisko organów podatkowych zawarte w interpretacjach indywidualnych nie jest trafne, ponieważ organy podatkowe opierają się wyłącznie na uchwalonych i opublikowanych przepisach, a nie na projektowanych. Można zatem mieć poważne wątpliwości co do możliwości odliczenia VAT na podstawie faktur wystawionych poza KSeF i przesłanych w tej formie nabywcom.

Identyczny problem jest z odliczaniem VAT z faktur wystawionych przez podmioty, co do których nie ma pewności, czy mają stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium Polski. Należy przypomnieć, że podmioty, które nie mają tu stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej, nie są zobowiązane do wystawiania faktur w KSeF (art. 106ga ust. 2 pkt 1 i 2).

Usunięcie z projektu progu kwotowego (450 zł) dla faktur wystawianych przez mikroprzedsiębiorców spowodowało, że znacznie zwiększyła się liczba możliwych transakcji dokumentowanych fakturami wystawianymi przez takich podatników. Zarazem jednak nie wprowadzono żadnego ograniczenia, nawet dla dużych podatników, do wystawiania, na podstawie art. 145p, faktur w postaci papierowej i elektronicznej poza KSeF.

Problem dla nabywców

W konsekwencji od kwietnia 2026 r. faktury wystawione poza KSeF i nieoznaczone kodami QR będą stanowiły niemały problem dla nabywców. Nie tylko nie będą oni wiedzieli, czy takie faktury zostały wystawione prawidłowo, ale również mogą one powodować problemy z ustaleniem daty ich otrzymania dla potrzeb realizacji płatności. Mogą zdarzyć się przypadki, gdy podatnik wystawi taką fakturę poza KSeF, bo będzie do tego uprawniony, ale prześle ją do KSeF zdecydowanie później niż powinien (później niż następnego dnia roboczego), albo prześle ją po zamknięciu okresu rozliczeniowego, bądź nigdy jej nie prześle, choć powinien to uczynić.

Problem z odliczaniem VAT w przejściowym okresie funkcjonowania KSeF może dotyczyć również transakcji z dużymi podatnikami, jeżeli błędnie obliczą oni wartość swojej sprzedaży za 2024 r., zaniżając jej wartość poniżej progu 200 mln zł brutto. Jeżeli taki podatnik w okresie luty-marzec 2026 r. wystawi faktury na rzecz nabywców poza KSeF, mylnie wnioskując o braku obowiązku wystawienia ich za pomocą systemu, to skutek dla jego nabywców może być skrajnie niebezpieczny. Niewątpliwym utrudnieniem dla nabywcy będzie w tej sytuacji uchylenie z dniem 1 lutego 2026 r. art. 106na ust. 2 ustawy o VAT, z którego wynika, że otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wymaga akceptacji odbiorcy faktury. Brak takiej regulacji będzie oznaczał, że każdy podatnik-nabywca (jeżeli nie jest dużym podatnikiem) w okresie luty-marzec 2026 r., mimo że nie musi jeszcze wystawiać faktur w KSeF, musi te faktury z KSeF odbierać. A jedynym sposobem odbioru w tym okresie faktur od podmiotów zobowiązanych do wystawiania faktur ustrukturyzowanych będzie KSeF.

Przy tak skonstruowanych, niejasnych regulacjach, niekorzystnej dla podatników wykładni (co już można wyczytać z uzasadnienia projektu ustawy) i mnogości potencjalnych przypadków, których przykłady starałem się wykazać, prowadzenie działalności gospodarczej będzie obarczone dużym ryzykiem.

Czas na wnioski

Wydaje się, że kwestia odliczenia VAT (podstawowy element konstrukcyjny tego podatku) powinna być jasno i precyzyjnie unormowana nie tylko w ewentualnych objaśnieniach podatkowych, ale przede wszystkim w samej ustawie. Dodatkowo również czasowe odstępstwo od stosowania KSeF przez tzw. mikroprzedsiębiorców powinno być nakreślone w sposób, który nie będzie powodował wątpliwości interpretacyjnych, choćby poprzez zawężenie dotyczące statusu sprzedawcy (np. wyłącznie do podatników zwolnionych podmiotowo z VAT).

Ponadto, co w mojej ocenie jest bardzo istotne, art. 106na ust. 2 ustawy o VAT dotyczący wyrażenia zgody na otrzymywanie faktur z KSeF powinien obowiązywać do końca marca 2026 r. tych podatników, którzy do KSeF będą musieli przystąpić dopiero od kwietnia 2026 r.

Autor Wojciech Zajączkowski, od ponad 25 lat prowadzi szkolenia podatkowe, głównie z VAT