W mijającym roku Naczelny Sąd Administracyjny wielokrotnie wypowiadał się w sprawie ulgi badawczo-rozwojowej, także w kontekście innej preferencji – IP Box. Opinie ekspertów pozwoliły nam stworzyć zestawienie sześciu najważniejszych stanowisk tego sądu

Najczęściej wskazywanym przez doradców podatkowych orzeczeniem jest wyrok z 20 sierpnia 2024 r. (II FSK 595/24). Wzbudził on najwięcej kontrowersji, i to z dwóch powodów.

1. Pomoc publiczna

Szczególnie dyskusyjne okazało się stwierdzenie przez NSA, że ulga B+R jest pomocą publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (TFUE).

Doradcy podatkowi się z tym nie zgadzają. Ich zasadniczy argument sprowadza się do tego, że ulga B+R nie jest selektywna, a to jedna z głównych przesłanek, które muszą być spełnione, by można było mówić o pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 i 108 TFUE.

– Ulga B+R jest środkiem podatkowym o charakterze powszechnym, tj. każdy podmiot prowadzący działalność B+R ma prawo z niej skorzystać niezależnie od wielkości, lokalizacji czy branży. Nie jest ona zatem środkiem selektywnym – mówi Łukasz Karpiesiuk, partner w zespole ulg podatkowych i pomocy publicznej SSW.

Nawiasem mówiąc – dodaje – jedynymi organami, które mogą skutecznie rozstrzygnąć, czy dany środek jest pomocą państwa, są Komisja Europejska i ewentualnie Trybunał Sprawiedliwości UE.

– Nie mogą tego czynić sądy krajowe. Zatem konkluzja o pomocy publicznej, zawarta na marginesie uzasadnienia omawianego wyroku, a nie w sentencji, nie jest w żaden sposób wiążąca dla krajowych podatników – uważa ekspert. Ma nadzieję na to, że wyrok, choć niepokojący, nie okaże się przełomowy i nie przyczyni się do powstania utrwalonej linii orzeczniczej w tym zakresie.

Na to samo liczą Mirosław Michna i Maciej Chlewicki z KPMG, którzy dla wzmocnienia swoich argumentów w artykule „Ulga badawczo-rozwojowa nie jest pomocą publiczną” (DGP nr 238/2024) przywołali nie tylko oficjalne stanowiska takich instytucji, jak Komisja Europejska, Trybunał Sprawiedliwości UE, Urząd Ochrony Konkurencji i Konsumentów. Zacytowali również interpretację indywidualną samego dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, który 28 lipca 2023 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010. 285.2023.2.ZK) stwierdził: „Z przedstawionego we wniosku opisu sprawy wynika, że Wnioskodawca nie jest podatnikiem posiadającym status centrum badawczo-rozwojowego, o którym mowa w art. 17 ustawy z dnia 30 maja 2008 r. o niektórych formach wspierania działalności innowacyjnej (Dz.U. z 2021 r. poz. 706 oraz z 2022 r. poz. 1079) oraz nie zamierza korzystać z rozwiązania, o którym mowa w art. 18da ustawy o CIT. Mając na uwadze powyższe przepisy i przedstawiony opis sprawy, wskazać należy, że korzystanie przez Wnioskodawcę z ulgi badawczo-rozwojowej, o której mowa w art. 18d ustawy o CIT, w sytuacji gdy nie korzysta on z możliwości przewidzianej w art. 18da ustawy o CIT, nie stanowi pomocy publicznej ani pomocy de minimis”.

Na nieco inny aspekt tego wyroku zwraca uwagę Kajetan Kubicz, adwokat, partner w Kancelarii LTCA Zarzycki Niebudek Kubicz.

– Większość komentujących zwraca uwagę na stwierdzenie NSA, że ulga B+R jest pomocą publiczną w rozumieniu art. 107 i 108 TFUE. Warto jednak wskazać, że nie musi to podważać dotychczasowego stanowiska Ministerstwa Finansów, i daleki byłbym od wywrócenia dotychczasowej praktyki do góry nogami – mówi ekspert.

Podkreśla, że NSA posłużył się traktatem i podręcznikiem Frascati („Zalecenie dotyczące pozyskiwania i prezentowania danych z zakresu działalności badawczej i rozwojowej, Pomiar działalności naukowo-technicznej i innowacyjnej” z 2015 r.) na potrzeby wzmocnienia swojej argumentacji dotyczącej rozumienia działalności badawczo-rozwojowej jako węższej od działalności innowacyjnej.

– I właśnie na to warto zwrócić uwagę, bo jest to orzeczenie, które rozkłada definicję działalności B+R na czynniki pierwsze, kładąc nacisk m.in. na nieprzewidywalność i niepewność projektu – mówi ekspert.

2. Niepewność rezultatu

Rzeczywiście, w tym samym wyroku z 20 sierpnia 2024 r. NSA orzekł, że działalność B+R wiąże się z niepewnością co do jej przyszłego rezultatu. Na początku projektu B+R nie można dokładnie określić rodzaju rezultatu ani kosztu (w tym poświęconego czasu). Za taką działalność nie uznaje się rutynowych lub okresowych zmian, nawet jeśli stanowią one ulepszenia.

– Jest to niezwykle ważny wyrok dla producentów kontraktowych i branży przemysłowej wykonującej detale na zamówienie. Podmioty działające na tym rynku powinny się ponownie przyjrzeć swoim pracom, uwzględniając ryzyka płynące z tego orzeczenia – zaleca Kajetan Kubicz.

Mimo wszystko Michał Rodak, doradca podatkowy w Grant Thornton, ma nadzieję, że to jednorazowy wyrok, który nie zaprzepaści dotychczas ugruntowanej linii w zakresie ulgi B+R.

– Pełna zgoda, że działalność B+R wiąże się z niepewnością co do jej przyszłego rezultatu, natomiast stwierdzenie przez NSA, że skoro podatnik przyjął zlecenie do realizacji, to nie mamy już do czynienia z niepewnością, jest wnioskiem zbyt daleko idącym – uważa ekspert.

3. IP Box szersza niż B+R

Eksperci zgadzają się natomiast w pełni ze stwierdzeniem NSA z 11 lipca 2024 r. (II FSK 1363/21), że przy obliczaniu, jaka część dochodu jest objęta ulgą IP Box (czyli 5-proc. stawką PIT lub CIT), można odjąć więcej kosztów niż w ramach ulgi B+R.

Sąd orzekł, że można odjąć koszty usług zewnętrznych podmiotów (w tym wypadku programistów) świadczonych przez nie w ramach samodzielnej działalności gospodarczej na podstawie umów B2B, jeżeli zostały one faktycznie poniesione przez podatnika na prowadzoną bezpośrednio przez niego działalność badawczo-rozwojową.

– NSA obalił stanowisko fiskusa (i sądu I instancji), że w kalkulacji wskaźnika nexus dla potrzeb ulgi IP Box nie można uwzględniać usług zewnętrznych wykorzystywanych w ramach działalności B+R. Dzięki temu podatnicy mogą określać wskaźnik nexus na wyższym poziomie, a tym samym od większej części dochodu płacić podatek według preferencyjnej stawki 5 proc. – tłumaczy Piotr Chojnacki, radca prawny, doradca podatkowy w Arena Advisory.

Na ten sam skutek dla podatników zwraca uwagę Michał Rodak. Mimo to – jego zdaniem – wyrok NSA w dalszym ciągu nie rozwiązuje wątpliwości, czy wynik pracy programisty zatrudnionego na podstawie umowy B2B jest wynikiem działalności B+R (wówczas litera „a” we wzorze nexus), czy nabyciem kwalifikowanego prawa własności intelektualnej (wówczas litera „d” wzoru nexus).

4. Tylko we własnym zakresie

W kolejnym najczęściej wskazywanym przez ekspertów orzeczeniu – z 17 października 2024 r. (II FSK 125/22) – NSA orzekł, że podatnik nie może odliczyć w ramach ulgi B+R wydatków na badania naukowe, jeżeli wyniki tych badań będą służyć działalności badawczo-rozwojowej prowadzonej przez inny podmiot. Skoro w odniesieniu do przedstawionych projektów spółka nie powiązała prowadzenia i zakupu badań z własną działalnością badawczo-rozwojową, to nie mogła nabyć wyników badań na jej potrzeby – stwierdził sąd kasacyjny. Orzekł zatem, że poniesione przez spółkę wydatki nie są kosztem kwalifikowanym w rozumieniu art. 18d ust. 2 pkt 3 ustawy o CIT.

– Nie sposób się z tym nie zgodzić. Skoro wyniki badań nie zostały nabyte do działalności realizowanej bezpośrednio przez podatnika, to trudno mówić o prawie do rozliczenia ulgi B+R – komentuje Michał Rodak.

Kajetan Kubicz zwraca jednak uwagę na dwa aspekty tego wyroku. – Z jednej strony oznacza on, że dla rozliczenia ulgi B+R liczy się faktyczne prowadzenie działalności B+R we własnym zakresie. Ale z drugiej strony – i co w mojej ocenie jest ważniejsze – wyrok potwierdza, że prowadząc działalność badawczo-rozwojową, można korzystać z innych wyspecjalizowanych podmiotów, od których nabędzie się określone wyniki prac, i wówczas te podmioty właśnie będą prowadzić prace B+R pozwalające na rozliczenie ulgi w określonym zakresie – zauważa ekspert.

Jego zdaniem to kolejny przyczynek do tezy, że różne etapy prac mogą się przenikać wzajemnie i być realizowane przez różne wyspecjalizowane podmioty.

– To niezwykle istotne dla współwykonawców i podwykonawców prac B+R (np. testów lub analiz), którym niejednokrotnie organy podatkowe odmawiają prawa do ulgi ze względu na – jak twierdzą – wycinkowe prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej – podkreśla Kajetan Kubicz.

Na szczęście – jak mówi – coraz częściej sądy administracyjne inaczej na to patrzą, czego przykładem wyrok NSA z 17 maja 2022 r. (II FSK 321/22), który dotyczył branży farmaceutycznej.

5. Dwie ulgi naraz

Można odliczać koszty kwalifikowane w ramach ulgi B+R, czyli od podstawy opodatkowania dochodu na zasadach ogólnych, a jednocześnie uwzględniać je przy ustalaniu dochodu objętego preferencyjną stawką IP Box. Przepisy nie zakazują odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R w sytuacji, gdy zostały one zakwalifikowane do dochodu objętego preferencyjną stawką IP Box – orzekł 7 grudnia 2023 r. sąd kasacyjny (II FSK 1538/23, II FSK 415/23, II FSK 534/22, II FSK 547/23, II FSK 696/23, II FSK 832/22).

Co prawda wyroki te zapadły pod koniec 2023 r., ale miały kluczowe znaczenie dla stosowania w 2024 r. obu preferencji: IP Box i B+R.

– To bardzo ważne orzeczenia, potwierdzające symultaniczność ulg B+R oraz IP Box – komentuje Michał Rodak.

Zwraca uwagę na to, że żaden przepis nie zabrania podatnikom odliczenia w ramach ulgi B+R wydatków, które zostały uwzględnione do obliczania dochodu objętego IP Box.

6. W grupach

Nasze zestawienie zamyka wyrok NSA z 7 listopada 2024 r. (II FSK 179/22). Naczelny Sąd Administracyjny orzekł w nim, że dla celów ulgi B+R nie ma znaczenia ujemny wynik finansowy spółki tworzącej podatkową grupę kapitałową (PGK), bo koszty poniesione na badania i rozwój odlicza się od podstawy opodatkowania PGK, a nie przy ustalaniu dochodu (straty) poszczególnych spółek wchodzących w skład grupy. Spółki określają jedynie swoje przychody podatkowe lub koszty uzyskania przychodów, a w konsekwencji swoje dochody lub straty podatkowe. Natomiast podstawę opodatkowania ustala wyłącznie PGK.

Doradcy podatkowi nie mają wątpliwości, że to jedyna prawidłowa wykładnia.

– Skoro podstawa opodatkowania przy PGK jest ustalana na poziomie całej grupy, to również ulga B+R, która de facto jest stosowana po ustaleniu podstawy opodatkowania (tj. koszty kwalifikowane są odejmowane od podstawy opodatkowania), powinna zostać zastosowana na poziomie PGK – mówi Michał Rodak. ©℗