Jednostka budżetowa nie działa samodzielnie i tym samym nie może być podatnikiem VAT. Tak uznał TSUE, dając gminom zielone światło na szybkie odzyskanie zapłaconego, ale nieodliczonego podatku. Okazuje się jednak, że gdyby zwrot miał dotyczyć np. inwestycji, to mogą pojawić się problemy, bo eksperci nie są zgodni, jak dokonać korekty: jednorazowo czy w okresie 10 lat. Część z nich uważa, że będzie to trwało latami, bo po centralizacji rozliczeń (gmina będzie teraz składała jedną deklarację – za siebie i za jednostki) nastąpi zmiana przeznaczenia inwestycji z niepodlegającej opodatkowaniu na opodatkowaną VAT. ©?
Korzystna dla gmin wykładnia TSUE może nie być aż tak atrakcyjna, jak to jest przedstawiane. Zmiana sposobu wykorzystania inwestycji powodująca zwiększenie podatku naliczonego do odliczenia może spowodować, że nawet przy korekcie historycznej dotyczącej inwestycji sprzed np. trzech lat gmina jednorazowo odzyska 3/10 VAT, a pozostałe 7/10 w kolejnych siedmiu latach, po 1/10 VAT za każdy rok korekty
Zmiana modelu rozliczeń polegająca na połączeniu w ramach jednej deklaracji obrotów gminy i jednostek budżetowych nie powinna być traktowana jako zmiana przeznaczenia nieruchomości, ponieważ inwestycja od początku służyła tym samym celom. Jeśli nieruchomość była wykorzystywana w jednostce budżetowej wyłącznie do czynności opodatkowanych, to odliczenie VAT przysługuje gminie w całości, a korekta powinna być dokonana na podstawie art. 86 ust. 13 ustawy o VAT, a nie w trybie korekty wieloletniej na podstawie art. 91 ust. 7 ustawy
C3