Wyrok dotyczył wykreślenia z rejestrów, które miało miejsce w 2018 r., ale jego tezy zachowują aktualność, bo przepisy w tym zakresie nie zmieniły się znacząco.
Chodziło o spółkę, która przez 2,5 roku składała zerowe deklaracje kwartalne, nie wykazując w nich żadnych czynności opodatkowanych, a przez to również podatku należnego ani naliczonego. W marcu 2018 r. urząd skarbowy zawiadomił ją o wykreśleniu jej z rejestrów VAT i VAT-UE. Podstawą prawną był tu art. 96 ust. 9a pkt 3 ustawy o VAT.
Spółka zaskarżyła to zawiadomienie do sądu. Zarzuciła naczelnikowi urzędu, że nie zastosował się do art. 96 ust. 9e ustawy o VAT, zgodnie z którym nie wykreśla się podatnika z rejestru VAT, jeśli zbyt długie składanie deklaracji zerowych wynika ze specyfiki działalności gospodarczej. Spółka argumentowała, że już to wcześniej tłumaczyła, ale naczelnik urzędu nie wziął pod uwagę jej wyjaśnień. Uważała ponadto, że wykreślenie z rejestru powinno nastąpić w formie decyzji zgodnie z art. 207 ordynacji podatkowej.
W pełni zgodził się z nią WSA w Warszawie (sygn. III SA/Wa 1335/18). Stwierdził, że przy wykreśleniu z rejestru VAT organ orzeka o prawach i obowiązkach podatnika, więc takie rozstrzygnięcie powinno mieć formę decyzji. Od decyzji bowiem można się odwołać, a od zawiadomienia nie.
NSA: Zwrot nadpłaty należy się tylko podatnikowi
NSA: Zwrot nadpłaty należy się tylko podatnikowi

Zobacz również
WSA orzekł również, że naczelnik urzędu powinien uwzględnić wyjaśnienia spółki złożone w związku z art. 96 ust. 9e ustawy o VAT.
Naczelny Sąd Administracyjny utrzymał ten wyrok w mocy, choć nie w pełni z nim się zgodził. Orzekł, że wykreślenie z rejestru VAT nie musi mieć formy decyzji. Jak wyjaśniła sędzia Izabela Najda-Ossowska, przepisy celowo zostały sformułowane przez ustawodawcę w taki sposób, by fiskus mógł szybko reagować na nieprawidłowości.
NSA uznał natomiast, że naczelnik urzędu powinien przed wykreśleniem spółki z rejestru powiadomić ją, dlaczego nie wziął pod uwagę jej wyjaśnień co do specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej. – W takich sprawach nie może być automatyzmu – wyjaśniła sędzia Najda-Ossowska.
NSA orzekł więc, że w tym wypadku, skoro spółka nie została poinformowana, dlaczego jej wyjaśnienia nie zostały uwzględnione, wykreślenie jej z rejestru było bezskuteczne.

orzecznictwo

Wyrok NSA z 20 maja 2022 r., sygn. akt I FSK 1592/19www.serwisy.gazetaprawna.pl/orzeczenia