W tej kwestii kształtuje się już spójna linia orzecznicza. Natomiast dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej często odmawia odpowiedzi na pytania podatników, czy prowadzona przez nich działalność jest badawczo-rozwojowa i czy w konsekwencji może być ona objęta ulgą IP Box. Zasłania się tym, że pojęcie działalności badawczo-rozwojowej nie zostało zdefiniowane w przepisach podatkowych, a tylko je może on interpretować.
Podobnie dyrektor KIS postąpił w sprawie, którą rozpoznał szczeciński WSA. We wniosku o interpretację podatnik wyjaśnił, że na indywidualne zamówienie klientów wytwarza programy komputerowe, które są utworami. Płaci 19-proc. liniowy PIT, ale chciałby skorzystać z ulgi IP Box pozwalającej stosować stawkę 5 proc. PIT dla dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.