Zdaniem Trybunału Sprawiedliwości UE przedpłata może podlegać VAT, o ile przyszłe świadczenie jest skonkretyzowane co do rodzaju towaru lub usługi, a strony nie mają zamiaru dokonywania jego zmian w przyszłości (wyrok z 21 lutego 2006 r., C-19/02 BUPA). Problem powstaje z zastosowaniem tej wykładni w konkretnym stanie faktycznym.

Przykładowo NSA w wyroku z 23 października 2012 r. (sygn. akt I FSK 2121/11) uznał, że wpłata na poczet sprzedaży części do elektrowni wiatrowej, których rodzaj oraz wartość były znane dopiero przy ich odbiorze, nie powinna być opodatkowana VAT, mimo że w sumie tworzyły wyposażenie elektrowni. Z kolei WSA we Wrocławiu, w prawomocnym wyroku z 23 sierpnia 2012 r. (sygn. akt I Sa/Wr 736/12) orzekł, że nadpłacone kwoty przy zapłacie czynszu dzierżawnego nie podlegają opodatkowaniu VAT, dopóki nie zostanie zidentyfikowany tytuł dokonanej nadpłaty. Natomiast NSA w ostatnim wyroku z 2 lipca 2013 r. (sygn. akt I FSK 1244/12) stwierdził, że jeżeli kontrahent dokonuje wpłat według zamówionej ilości oraz przybliżonej ceny towaru, to strony umieją określić niezbędne elementy umowy sprzedaży, więc wpłaty powinny być opodatkowane VAT, nawet jeżeli cena może się zmienić przy dostawie. Inna sytuacja miałaby miejsce, jeżeli strony nie wiedziałyby, na poczet jakiego konkretnie towaru została dokonana wpłata. Wtedy podatek nie wystąpi.

Z orzecznictwa sądowego wynika, że zaliczka powinna być opodatkowana VAT, jeśli znany jest rodzaj towaru oraz jego cena, przy czym strony nie zakładają, że może nie dojść do umowy sprzedaży. W praktyce, jeżeli sprzedawca ma problem z wystawieniem faktury w związku z otrzymaniem zaliczki, ponieważ nie jest w stanie określić wszystkich elementów wymaganych na takiej fakturze, warto zastanowić się, czy faktura w ogóle powinna być wystawiana. Wpłata może bowiem nie podlegać VAT, który będzie należny dopiero po dostawie towarów lub wykonaniu usług.