Obliczając podatek VAT w turystyce, należy zsumować marże dodatnie i ujemne od wszystkich sprzedanych wycieczek klientom. Takie jest stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego.
Firma specjalizuje się w organizowaniu wypoczynku w Polsce i za granicą. Często różne imprezy, za które wpłaciła zaliczki, nie dochodzą do skutku – np. z uwagi na mniejsze niż zakładane zainteresowanie klientów. W wielu przypadkach nie ma możliwości odzyskania pieniędzy, w efekcie ponosi straty. We wniosku o interpretację podatkową biuro spytało, czy może te straty uwzględnić, wyliczając podstawę opodatkowania w VAT.
Zgodnie z art. 119 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) przedsiębiorcy świadczący usługi turystyki mogą rozliczać podatek od towarów i usług w szczególny sposób: podstawą opodatkowania jest kwota marży. W praktyce firma turystyczna musi więc ustalić, za jaką wartość kupiła towary i usługi dla bezpośredniej korzyści turystów, a za jaką cenę sprzedaje im ostateczną usługę (wycieczkę, imprezę).