Naczelnik urzędu skarbowego, który wydał przedsiębiorcy zaświadczenie potwierdzające brak obowiązku uiszczenia VAT, z tytułu zakupu samochodu, nie może zmienić swojego stanowiska i wydawać decyzji określającej zobowiązanie podatkowe.
Tak stwierdził Naczelny Sąd Administracyjny, który przyznał rację firmie zajmującej się sprowadzaniem używanych samochodów z Niemiec.
– Skutki wydania zaświadczenia przez organ podatkowy są dla podatnika takie jak wynikające z interpretacji indywidualnej – powiedziała sędzia Krystyna Chustecka.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego, jeśli organ podatkowy miał możliwość odmowy wydania takiego zaświadczenia, a mimo to nie uczynił tego, to później nie może zmieniać swojego stanowiska, a podatnik nie może ponosić negatywnych skutków takiego działania.

Podstawą opodatkowania VAT przy dostawie towarów używanych jest marża stanowiąca różnicę między całkowitą kwotą, którą ma zapłacić nabywca towaru, a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku

W rozpatrywanej sprawie naczelnik urzędu skarbowego określił wysokość zobowiązania w VAT. Stwierdził, że spółka nie zaewidencjonowała wewnątrzwspólnotowego nabycia używanych aut osobowych oraz nie wykazała w deklaracjach VAT-7 podatku z tego tytułu. Natomiast w ewidencjach sprzedaży nieprawidłowo określiła podstawę opodatkowania oraz należny VAT od transakcji sprzedaży samochodów udokumentowanych fakturami.
Tym samym w ocenie organu brak było podstaw do opodatkowania tych transakcji na zasadach określonych w art. 120 ust. 4 ustawy o VAT, tj. na zasadach VAT-marża.
Spółka nie zgodziła się z tym i złożyła skargę do sądu. Wskazała, że treść wydanego wcześniej zaświadczenia VAT-25 jest odmienna od skutku podatkowego wynikającego z treści decyzji. W momencie wydania zaświadczenia okazane dokumenty zostały przez naczelnika urzędu skarbowego ocenione jako potwierdzające w sposób jednoznaczny, że nie doszło do wewnątrzwspólnotowego nabycia pojazdów. Natomiast w trakcie postępowania podatkowego na podstawie tych samych dokumentów ten sam organ doszedł do wniosków przeciwnych.
Naczelny Sąd Administracyjny przyznał rację spółce i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania sądowi wojewódzkiemu. Wyrok jest prawomocny.
ORZECZNICTWO
Wyrok NSA z 4 czerwca 2012 r. sygn. akt I FSK 1367/11.