To, jak zostanie sklasyfikowany domek letniskowy, decyduje o tym, czy może mieć do niego zastosowanie niższa stawka podatku od nieruchomości mieszkalnych, czy wyższa od budynków pozostałych. Brak definicji takiego budynku budzi więc wątpliwości i spory z organami gminy.
Z odpowiedzi Ministerstwa Finansów na interpelację poselską (nr 1534/12) wynika, że rozwiązania należy szukać w orzecznictwie sądów administracyjnych. Dla określenia właściwej stawki podatku od nieruchomości należy ustalić podstawową funkcję użytkową budynku (por. wyrok NSA z 22 września 2009 r., sygn. akt II FSK 542/08). W pierwszej kolejności o przynależności budynku do określonej kategorii dla celów podatkowych rozstrzyga rodzaj budynku ujawniony w ewidencji budynków prowadzonej przez właściwego starostę. W sytuacji, w której budynek nie jest objęty ewidencją budynków, przeznaczenie i funkcję użytkową budynku wykazywać można wszelkimi prawnie dopuszczalnymi dowodami, w tym za pomocą dowodów z decyzji o pozwoleniu na budowę czy pozwoleniu na użytkowanie.

Maksymalne stawki podatku od nieruchomości od 1 mkw. powierzchni użytkowej wynoszą: od nieruchomości mieszkalnych – 0,70 zł, od budynków pozostałych – 7,36 zł

Ponadto przyjmuje się, że „budynek letniskowy” będzie mieścił się w pojęciu „budynku mieszkalnego”, gdy będzie użytkowany faktycznie przez właściciela, służąc zaspokojeniu podstawowych potrzeb mieszkalnych (nie rekreacyjnych, wypoczynkowych bądź w celu lokaty kapitału). Istotny jest zamiar przebywania właściciela i jego bliskich w tym budynku jako centrum życiowym (m.in. wyroki NSA: z 19 lutego 2008 r., sygn. akt II FSK 1726/06, z 22 września 2009 r., sygn. akt II FSK 542/08).
Zdaniem MF z uwagi na ukształtowaną linię orzeczniczą nie zachodzi konieczność wprowadzenia zmian w przepisach. Resort krytycznie odniósł się też do propozycji objęcia niższą stawką podatku od nieruchomości domków letniskowych o niewielkich powierzchniach. Wyjaśnił, że niższe stawki dotyczą budynków, które służą stałemu zamieszkiwaniu i zaspokajaniu podstawowych potrzeb życiowych podatnika i jego rodziny. Przesłanek tych nie spełnia budynek letniskowy.