Urząd może kwestionować koszty podatkowe bez dowodzenia rzetelności ksiąg. NSA potwierdził, że nie trzeba badać ksiąg, by stwierdzić błędne odliczenia. Podatnik musi wykazać zasadność ujęcia kosztów w prowadzonej ewidencji.
Organy podatkowe często kwestionują poprawność dokumentacji podatkowo-księgowej firm, a przedmiotem sporów są głównie koszty uzyskania przychodów, które zmniejszają wysokość podatku. Jednak jeśli w tracie kontroli zostanie podważona zasadność ujęcia wydatku w kosztach uzyskania przychodów i wydana decyzja o zaniżeniu dochodów, bez jednoczesnego kwestionowania rzetelności ksiąg, jest to dopuszczalne działanie fiskusa.
Jak mówi Filip Siwek, doradca podatkowy w kancelarii Skoczyński Wachowiak Strykowski, księgi powinny być prowadzone rzetelnie i niewadliwie, co nie wyklucza sytuacji, w której wydatek prawidłowo ujęty w księgach z uwagi na brak jego związku z przychodem nie będzie mógł zostać zaliczony do kosztów uzyskania przychodów.