Zastosowanie art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, który uprawnia do odliczenia VAT, może budzić wątpliwości w przypadku spółek cywilnych, ponieważ czasami trudno odróżnić czynności dokonywane przez poszczególnych wspólników jako przedsiębiorców od czynności spółki reprezentowanej przez tych wspólników.

Zagadnienie to było też przedmiotem rozstrzygnięcia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Rzeszowie (wyrok z 12 marca 2009 r. sygn. akt I SA/Rz 764/08).

W sprawie tej dwie osoby fizyczne prowadzące działalność gospodarczą w formie spółki cywilnej zajmującej się wyrobem produktów ciastkarskich i piekarskich zdecydowały się na budowę stawu do hodowli ryb. Spółka cywilna ujęła w ewidencji nabyć oraz w deklaracjach VAT-7 faktury z tytułu nabycia towarów i usług związanych z budową stawu. Organ podatkowy uznał, że budowa stawu rybnego nie pozostaje w związku z opodatkowanymi czynnościami wykonywanymi przez spółkę, a zatem spółka bezprawnie obniżała podatek należny o podatek naliczony związany z zakupem towarów i usług na budowę stawu. Wspólnik, który wystąpił o pozwolenie na budowę, nie działał jako wspólnik spółki cywilnej, a tym samym inwestycja nie należy do majątku spółki.

Stanowisko organu podatkowego podzielił wojewódzki sąd administracyjny, który uznał, że brak jest związku pomiędzy zakupem towarów i usług do budowy stawu a czynnościami opodatkowanymi, które wykonuje spółka cywilna działająca w branży ciastkarskiej i piekarniczej. Sąd podkreślił, że majątek wspólników jest odrębny od majątku samej spółki, który powstaje po wniesieniu przez wspólników wkładów. Majątek spółki nie pokrywa się z majątkiem odrębnym wspólników, a zatem nakłady ponoszone przez spółkę, które prowadzą do przysporzenia w majątku wspólnika, nie stanowią obrotu spółki i nie pozwalają na obniżanie kwoty podatku należnego o podatek naliczony.