Naczelny Sąd Administracyjny orzekł, że firmy transportowe i spedycyjne nie mogą ustalać w umowach z kontrahentami innego momentu powstania obowiązku podatkowego niż ten, który wynika z ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 54, poz. 535 z późn. zm.).
Sąd zgodził się z uzasadnieniem wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, który twierdził, że nie można uznać, że umowa cywilnoprawna między spółkami powodowała, że usługi transportowe należy traktować jak usługi ciągłe. Skarżąca twierdziła, że na mocy umowy z kontrahentem usługi spedycyjne stanowią usługi ciągłe. Spółka wyjaśniła, że zawarła umowę o współpracy z drugą spółką. Na mocy aneksu do tej umowy rozszerzono zakres świadczonych usług o usługi transportu i spedycji. Strony ustaliły, że koszty tych usług będą refakturowane przez tę drugą spółkę w części dotyczącej jej wyrobów. Ustaliły też, że wynagrodzenie należne pierwszej spółce będzie fakturowane na drugą spółkę dwa razy w roku. Skarżąca (pierwsza spółka) twierdziła więc, że są to usługi ciągłe.
Jak orzekł jednak WSA, a potwierdził NSA, w przypadku tego rodzaju szczególnych usług zastosowanie ma art. 19 ust. 13 pkt 2 lit. a) i b) ustawy o VAT. Stanowi on, że obowiązek podatkowy powstaje z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia, licząc od dnia wykonania usług m.in. transportu i spedycyjnych. Tak ustalanej podstawy opodatkowania nie mogą – zdaniem NSA – zmienić zapisy umowy między kontrahentami. NSA podkreślił, że spółka nie wykazała, że usługi należy traktować jak usługi ciągłe. A zatem organy podatkowe prawidłowo ustaliły moment powstania obowiązku podatkowego, traktując każdą spedycję towaru lub transport towaru drugiej spółki jako samodzielną usługę. Wyrok jest prawomocny.
Sygn. akt I FSK 1473/09