Zmiany ustrojowe w 1989 roku spowodowały przejście z systemu gospodarki socjalistycznej na wolnorynkową, co oznaczało ograniczenie wpływów państwa. Do nowej sytuacji dostosowano finanse publiczne. Zlikwidowano rady narodowe i powołano samorządy gminne. Powstał budżet państwa, autonomiczny bank centralny, przeprowadzono reformy podatkowe. Wraz ze zmianami systemowymi następowały zmiany prawne. Pod koniec 1992 roku uchwalono tzw. małą konstytucję, w której określono podstawowe reguły tworzenia budżetu. Ustalono, że dochody i wydatki państwa będą regulowane co roku w ustawie budżetowej. Kolejnym krokiem było uchwalenie w 1997 roku Konstytucji RP, w której zawarto reguły budżetowe, przepisy dotyczące długu publicznego, deficytu oraz NBP.

Przełom legislacyjny nastąpił w 1998 roku wraz z pierwszą ustawą o finansach publicznych, która rozszerzyła konstytucyjne przepisy prawa budżetowego. Na kształt finansów sektora publicznego wpłynęły także reformy z 1999 roku.

Przystąpienie Polski do UE spowodowało konieczność dostosowania ustawy o finansach publicznych. Pojawił się audyt wewnętrzny i kontrola finansowa oraz wprowadzono zasadę jawności i przejrzystości finansów publicznych. Rezultatem zmian była nowa ustawa o finansach publicznych, która weszła w życie w 2005 roku. Kolejny przełom w finansach publicznych ma nastąpić w 2013 roku wraz z powstaniem pierwszego budżetu zadaniowego.