Spór dotyczył opodatkowania dostawy urządzenia, które wprawdzie samo nie stanowi wyrobu medycznego, natomiast jest niezbędne do tego, aby z wyrobu medycznego korzystać zgodnie z jego przeznaczeniem. W efekcie, przedmiotem rozważań organów podatkowych, a później sądów administracyjnych było, czy odesłanie zawarte w poz. 105 załącznika 3 do ustawy o podatku od towarów i usług obejmuje wyłącznie dostawę wyrobów medycznych czy także innych urządzeń, stanowiących według ustawy o wyrobach medycznych tzw. wyposażenie wyrobu medycznego.
We wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, będącej przedmiotem postępowania, podatnik – podmiot prowadzący działalność m.in. w zakresie dostawy urządzeń dla lekarzy dentystów oraz techników dentystycznych – zapytał, jaką stawkę VAT powinien zastosować do dostawy urządzenia (wtryskarki) służącego do wykonywania protez dentystycznych z materiałów termoplastycznych, będących wyrobami medycznymi w rozumieniu ustawy o wyrobach medycznych. Podatnik wskazał m.in., że urządzenie będące przedmiotem wniosku o wydanie interpretacji stanowi niezbędny element systemu do wytwarzania protez dentystycznych, a bez jego użycia nie jest możliwe wykorzystanie materiałów termoplastycznych z których te protezy się wykonuje (materiały termoplastyczne do produkcji protez stanowią wyroby medyczne). Urządzenie to przeznaczone jest tylko i wyłącznie do celów protetycznych. Dodatkowo, wnioskodawca wskazał, że producent systemu nie daje gwarancji na protezy wykonane z jego materiałów termoplastycznych przy użyciu innego urządzenia.
W interpretacji indywidualnej Dyrektor Krajowej Administracji Skarbowej uznał, że dostawa urządzenia umożliwiającego korzystanie z wyrobów medycznych podlega opodatkowaniu VAT na zasadach ogólnych, tj. według stawki 23 proc. i nie może korzystać ze stawki preferencyjnej 8 proc. W uzasadnieniu stanowiska Dyrektor KIS stwierdził, że zgodnie z poz. 105 załącznika nr 3 do ustawy o podatku od towarów i usług (ówcześnie obowiązującym) preferencyjna stawka VAT może być stosowana tylko i wyłącznie do dostawy wyrobów medycznych, nie zaś do dostawy urządzeń stanowiących wyposażenie wyrobu medycznego – wynika to bowiem z literalnego brzmienia tego przepisu.
Rozpoznając skargę na taką interpretację Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem z 26 czerwca 2019 r. (sygn. III SA/Wa 8/19) w całości przyznał rację podatnikowi i uznał, uchylając interpretację, że dostawa wyposażenia wyrobu medycznego może korzystać z 8 proc. stawki VAT. W ocenie sądu administracyjnego organ podatkowy wadliwie zinterpretował zarówno przepisy ustawy o VAT jak i przepisy ustawy o wyrobach medycznych. Sąd trafnie zauważył, że poprzez art. 132 ustawy o wyrobach medycznych stanowiący, że ilekroć w przepisach odrębnych jest mowa o wyrobach medycznych, należy przez to rozumieć także m.in. wyposażenie wyrobów medycznych, ustawa ta rozszerza, na potrzeby innych ustaw, zakres pojęcia „wyrobu medycznego” również o urządzenia stanowiące „wyposażenie wyrobu medycznego”. Takie rozszerzone rozumienie wyrobu medycznego ma zastosowanie również na potrzeby stosowania ustawy o VAT, w tym poz. 105 załącznika nr 3 do ustawy o VAT (w obowiązującym wówczas brzmieniu), który dopuszcza opodatkowanie stawką obniżoną dostawy wyrobów medycznych w rozumieniu ustawy o wyrobach medycznych. Tym samym dostawa urządzenia będącego wyposażeniem wyrobu medycznego, nawet jeżeli samo w sobie nie jest ono wyrobem medycznym, może korzystać z preferencyjnej 8 proc. stawki VAT.
Powyższe, korzystne dla podatnika rozstrzygnięcie, zostało utrzymane w mocy przez Naczelny Sąd Administracyjny, który wyrokiem z 30 lipca 2020 r. oddalił skargę kasacyjną Dyrektora KIS (sygn. I FSK 2120/19).
To ważne rozstrzygnięcie, potwierdzające możliwość stosowania przez podatników 8 proc. stawki VAT do dostawy sprzętu niebędącego wprawdzie wyrobem medycznym, ale który z uwagi na swoje przeznaczenie stanowi wyposażenie wyrobu medycznego w rozumieniu ustawy o wyrobach medycznych. Kwestia ta była wprawdzie już kilkukrotnie przedmiotem rozważań Naczelnego Sądu Administracyjnego, jednak nadal budzi kontrowersje, a organy podatkowe konsekwentnie prezentują stanowisko odmienne niż NSA – zarówno w wydawanych interpretacjach jak i w postępowaniu przed sądami.