W odniesieniu do spółek państw członkowskich zasady opodatkowania zdarzeń restrukturyzacyjnych zostały uregulowane w Dyrektywie 90/434/EEC znowelizowanej w 2005 roku (dalej nazywana dyrektywą o fuzjach).

Istota regulacji zawartych w dyrektywie o fuzjach polega na tym, że fuzja nie może powodować opodatkowania różnicy między wartością rzeczywistą a wartością do celów podatkowych przeniesionych aktywów i pasywów majątkowych spółki przejmowanej. Fuzja nie może także powodować opodatkowania różnicy między wartością objętych i unicestwionych udziałów u wspólników spółki przejmowanej. Fuzja jest neutralna podatkowo dzięki mechanizmowi odroczenia opodatkowania.

Przepisy dyrektywy o fuzjach od momentu ich uchwalenia nie były stosowane w praktyce, gdyż dopiero 26 października 2005 r. została uchwalona dyrektywa (2005/56/EC) w sprawie transgranicznego łączenia się spółek kapitałowych (powinna być implementowana do 15 grudnia 2007 r.), która określiła zasady przeprowadzania takich transakcji. Istotne znaczenie ma również rozporządzenie Rady nr 2151/2001 z 8 października 2001 r. w sprawie statutu spółki europejskiej. Zgodnie z jego przepisami spółka europejska może być utworzona w drodze fuzji przez przejęcie (spółka przejmująca ma formę spółki europejskiej) lub przez zawiązanie nowej spółki (spółka nowo zawiązana ma formę spółki europejskiej). Stworzenie podstaw prawnych do przeprowadzania fuzji transgranicznych może spowodować większe niż do tej pory zainteresowanie tą formą restrukturyzacji.

W tym kontekście należy też wymienić orzeczenie w sprawie SEVIC (C 411/03). W orzeczeniu tym ETS stwierdził, że art. 43 i 48 TWE stoją na przeszkodzie temu, aby w państwie członkowskim odmawiano co do zasady wpisu do krajowego rejestru handlowego fuzji, gdy jedna z łączących się spółek ma siedzibę w innym państwie, podczas gdy po spełnieniu pewnych warunków wpis taki jest możliwy, jeżeli obydwie spółki biorące udział w połączeniu mają siedziby w tym samym państwie członkowskim. Znaczenie tego orzeczenia polegało na tym, że spółki zainteresowane przeprowadzeniem fuzji transgranicznej mogły skorzystać z uregulowań dyrektywy o fuzjach jeszcze przed implementacją do porządku krajowego dyrektywy w sprawie transgranicznego łączenia się spółek kapitałowych.