Zobowiązanie VAT powstaje z mocy prawa. Zatem zapłata zaległości podatkowej powoduje wygaśnięcie tego zobowiązania.

ORZECZENIE
Spór dotyczył przedawnienia zobowiązania podatkowego, które powstało w 2001 roku. Spółka twierdziła, że w sprawie doszło do prze-dawnienia między wydaniem decyzji przed urząd celny i izbę celną. Zatem na tej podstawie zobowiązanie wygasło. Z kolei organy uznały, że zobowiązanie wygasło, ale nie z powodu przedawnienia, ale z powodu zapłaty podatku przez spółkę.
Sąd przychylił się do argumentacji organów i oddalił skargę. Kluczowa dla sprawy była interpretacja art. 59 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej. Przepis ten stanowi, że zobowiązanie podatkowe wygasa w całości lub w części wskutekzapłaty. WSA powołał się także na uchwałę 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego (sygn. akt I FPS 4/07). Poszerzony skład NSA uznał, że zapłata zaległości podatkowej w VAT powoduje wygaśnięcie zobowiązania podatkowego na podstawie art. 59 par. 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej w brzmieniu obowiązującym w 2002 roku nawet wtedy, gdy zapłata następuje w wyniku wykonania nieostatecznej decyzji organu I instancji określającej wysokość zobowiązania podatkowego. Ostatecznie sąd stwierdził, że zapłata podatku powoduje wygaśnięcie zobowiązania.
WSA podkreślił, że zobowiązanie podatkowe nie mogło wygasnąć drugi raz z powodu przedawnienia. Dotyczyło to sytuacji, gdy w lipcu 2006 r. urząd celny na podstawie postępowania celnego dotyczącego wartości celnej towaru określił zobowiązanie podatkowe z tytułu importu towarów w wysokości niższej niż zadeklarowana przez spółkę. Spółka złożyła odwołanie, które dyrektor izby celnej oddalił w sierpniu tego roku. W międzyczasie - zdaniem spółki - doszło do przedawnienia.
Sygn. akt III SA/Wa 1646-48/07
ŁUKASZ ZALEWSKI