Takie określenie podstawy opodatkowania w art. 29 ust. 3 ustawy o VAT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) narusza prawo unijne, co wprost wynika z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości UE (TSUE).

W świetle orzecznictwa TSUE nie ulega wątpliwości, że w przypadku świadczeń określonych w naturze podstawę opodatkowania u podatnika otrzymującego takie świadczenie należy ustalać przez odniesienie do faktycznego kosztu poniesionego przez niego w celu uzyskania tego świadczenia (tak w wyrokach w sprawach C-33/93 Empire Stores oraz C-380/99 Bertelsman).

Tylko taka metoda prowadzi bowiem do ustalenia podstawy opodatkowania zgodnie z celem wynikającym z dyrektywy VAT. Powinna nią być wartość subiektywna odzwierciedlająca faktyczną kwotę wynagrodzenia należną podatnikowi.

W wyroku w sprawie C 549/11 Ofrej z 19 grudnia 2012 r. TSUE wprost wskazał, że stosowanie jako podstawy opodatkowania wartości rynkowej w przypadkach innych niż mających zastosowanie do podmiotów powiązanych jest niedopuszczalne na gruncie prawa unijnego.

Konsekwentnie należy stwierdzić, że przepis polskiej ustawy jest niezgodny z art. 73 dyrektywy VAT. Jeśli jego zastosowanie prowadziłoby do określenia podstawy opodatkowania w kwocie przekraczającej koszt poniesiony przez podatnika w celu uzyskania wzajemnego świadczenia niepieniężnego, podatnik może rozważyć pominięcie art. 29 ust. 3 ustawy o VAT. W takiej sytuacji powinien określić podstawę opodatkowania zgodnie ze wskazówkami wynikającymi z wyroków TSUE.

Warto zaznaczyć, że niezgodność ta zostanie usunięta w drodze nowelizacji ustawy, która wejdzie w życie 1 stycznia 2014 r.