Rozporządzenie wykonawcze Rady UE nr 282/2010 obowiązujące od lipca 2011 r. definiuje miejsce siedziby działalności gospodarczej podatnika w odmienny sposób, niż przyjęty powszechnie w praktyce. Zgodnie z tą praktyką, niepoprawną na gruncie obecnych przepisów, identyfikacja miejsca siedziby podatnika odbywała się wyłącznie w oparciu o miejsce siedziby korporacyjnej spółki. Jeśli więc podmiot jest polską spółką z ograniczoną odpowiedzialnością, automatycznie przyjmowano, że również dla celów VAT jest to podmiot posiadający w Polsce siedzibę.

Rozporządzenie Rady UE wskazuje jednak, że miejscem siedziby działalności gospodarczej podatnika jest miejsce, w którym wykonywane są funkcje naczelnego zarządu przedsiębiorstwa. W celu określenia tego miejsca należy ustalić, gdzie zapadają istotne decyzje dotyczące ogólnego zarządzania przedsiębiorstwem, adres zarejestrowanej siedziby przedsiębiorstwa i miejsce posiedzeń zarządu przedsiębiorstwa. W przypadku gdy te kryteria nie pozwalają z całkowitą pewnością określić miejsca siedziby działalności, decydujące jest miejsce, w którym zapadają istotne decyzje dotyczące ogólnego zarządzania przedsiębiorstwem. Rozporządzenie wprost wskazuje, że sam adres pocztowy nie może być uznany za miejsce siedziby działalności gospodarczej podatnika.

W praktyce może się zdarzyć, że zgodnie z rozporządzeniem polska spółka z ograniczoną odpowiedzialnością ma siedzibę na terytorium innego państwa. Jeśli nabywa ona usługi od podatników krajowych, to co do zasady nie powinny być one opodatkowane VAT w Polsce. Jeśli spółka taka świadczy usługi lub dokonuje dostaw na rzecz podatników polskich, również nie powinna wykazywać VAT na fakturach (z wyjątkiem usług, do których stosuje się szczególne zasady określenia miejsca świadczenia). Prawidłowe określenie miejsca siedziby jest więc niezwykle istotne w celu uniknięcia ryzyka podatkowego.