Podmioty powiązane mogą ponosić stratę, zwłaszcza jeżeli dopiero rozpoczynają prowadzenie działalności. W początkowym okresie bowiem ponosi się z reguły znaczne nakłady inwestycyjne, natomiast przychody pojawiają się zazwyczaj w późniejszym okresie.

Wytyczne OECD w sprawie cen transferowych dopuszczają takie powody ponoszenia strat przez podmioty powiązane, jak: wysokie koszty rozpoczęcia działalności, niekorzystna sytuacja rynkowa oraz inne uzasadnione przesłanki biznesowe. Niezwykle ważne jest więc określenie strategii gospodarczej, prowadzonej przez podmiot, mogącej tłumaczyć przyczyny ponoszenia strat. Strategia ta może polegać np. na stosowaniu cen promocyjnych przy wchodzeniu na dany rynek, czasowej obniżce zysków w zamian za wyższe zyski w dłuższym okresie, czy ponoszeniu przez pewien okres wyższych kosztów w celu utrzymania się na rynku lub zdobycia nowego. Istotne jest, aby sytuacja taka była sytuacją przejściową, ograniczoną w czasie. Spółka niezależna bowiem nie mogłaby ponosić strat w nieskończoność, bo w rezultacie zaprzestałaby działalności.

W praktyce poniesienie straty w transakcji z podmiotem powiązanym oznacza konieczność dokładnego udokumentowania zawartego kontraktu, gdyż sytuacja taka może wzbudzić szczególne zainteresowanie organów podatkowych. Podmiot powinien posiadać pisemną umowę, regulującą warunki transakcji i sposób kalkulacji ceny oraz sporządzić dokumentację podatkową, wymaganą przez art. 9a ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.), najlepiej uzupełnioną o analizę danych porównywalnych, uzasadniającą rynkowy charakter stosowanych cen.

Jednak całkowite wyeliminowanie ryzyka zakwestionowania cen we wzajemnych rozliczeniach wewnątrzgrupowych, jako odbiegających od warunków rynkowych, jest możliwe dopiero po uzyskaniu porozumienia cenowego z ministrem finansów.