Podatek od czynności cywilnoprawnych jest pozostałością starego systemu. Systemu, w którym teoretycznie nie było podatków (gdyż i tak wszystko było państwowe), ale państwo na wszelki wypadek wolało mieć wiedzę o działaniach obywateli. Zatem wszelki obrót dobrami prywatnymi był rejestrowany, a przy okazji pobierano opłatę. Czasy się zmieniły, ale podatek pozostał. Zapewne relacja poziomu kosztów poboru do wpływów jest tutaj fatalna, ale to chyba nikomu nie przeszkadza.

Ustawa zawiera postanowienia typu anti-avoidance. Jednym z nich jest zasada ustalania podstawy opodatkowania w przypadku sprzedaży. Jest nią wartość rynkowa przedmiotu sprzedaży. Co więcej, od wartości tej nie odejmowane są długi i ciężary. Celem tej regulacji było uniemożliwienie zaniżania wartości przedmiotu sprzedaży. Przepis ten sprawdzał się, gdy miał zastosowanie do samochodu czy mebli, ale traci sens w dzisiejszych realiach gospodarczych. Obecnie jednym z poważniejszych (w sensie kwot) obszarów zastosowania podatku od czynności cywilnoprawnych jest sprzedaż przedsiębiorstwa (lub zorganizowanej jego części). Przedsiębiorstwo z natury rzeczy jest obciążone długiem. Cena dług uwzględnia i jest odpowiednio niższa, a mimo to podatek należny będzie od wartości aktywów brutto. Brak w tym jakiejkolwiek logiki.

Co więcej, jeżeli przedsiębiorstwo zostanie sprzedane, to podstawą obliczenia podatku będzie tylko wartość rynkowa udziałów, która z natury rzeczy jest obniżona o wielkość długu, jaki ma spółka. Dlatego pod kątem wielkości podatku transakcyjnego, jakim jest podatek od czynności cywilnoprawnych, znacznie bardziej korzystniejszym rozwiązaniem jest sprzedaż spółki. Rzecz jasna podatki transakcyjne nie są jedynym kryterium branym tu pod uwagę.