W praktyce rzeczywiście pojawił się problem, czy w przypadku wydawania indywidualnych interpretacji prawa podatkowego minister finansów jako organ wydający interpretacje jest zobowiązany do uwzględniania prawa UE. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 1 grudnia 2011 r. (sygn. akt I FSK 1565/11) orzekł, że minister finansów udzielający interpretacji zobowiązany jest do wykładni polskich przepisów podatkowych w świetle regulacji wspólnotowych, jeżeli przepisy te odnoszą się do przedstawionego we wniosku stanu faktycznego, a w przypadku stwierdzenia sprzeczności przepisów krajowych z normami wspólnotowymi – do odmowy zastosowania prawa polskiego. Sąd wskazał, że wprawdzie w katalogu aktów podlegających urzędowej interpretacji w trybie Ordynacji podatkowej, nie wymieniono wprost unijnych aktów prawnych, to jednak wydając indywidualną interpretację w zakresie prawa krajowego nie można pominąć tych przepisów, jeżeli zakres przedmiotowy takich norm się pokrywa.

NSA zwrócił też uwagę na zasadę pierwszeństwa stosowania prawa wspólnotowego przed prawem krajowym. Zaznaczył, że również minister finansów, jako organ wydający indywidualne interpretacje podatkowe, jest zobowiązany do jej stosowania.

Zdaniem sądu nie może budzić wątpliwości, że obowiązkiem organu wydającego interpretację jest wykładnia przepisów prawa krajowego w świetle treści i celów regulacji wspólnotowych (w tym dyrektywy VAT).

Organ wydający interpretację zobowiązany jest również do odmowy zastosowania normy krajowej w odniesieniu do hipotetycznego stanu faktycznego przedstawionego we wniosku o interpretację, jeżeli prowadziłoby to do wydania indywidualnej interpretacji podatkowej niezgodnej z treścią przepisów wspólnotowych.