Metody szacowania znajdują zastosowanie, gdy organ podatkowy uzna, że transakcje dokonywane z podmiotami powiązanymi odbiegają od realiów rynkowych. Zgodnie z art. 11 ust. 1 ustawy o CIT, aby organ podatkowy był uprawniony do szacowania cen, muszą być spełnione trzy warunki: podatnik prowadzi transakcje z podmiotami powiązanymi; w wyniku tych powiązań warunki transakcji ustalone są na poziomie nierynkowym, tj. podmioty niezależne ustaliłyby je na innym poziomie; wskutek tych okoliczności podatnik nie wykazuje dochodów lub wykazuje dochody niższe niż te, jakich należałoby oczekiwać.

Organ podatkowy może szacować dochód podatnika na podstawie metod: porównywalnej ceny niekontrolowanej, ceny odsprzedaży, rozsądnej marży („koszt plus”), czyli metod koncentrujących się na cenach dotyczących poszczególnych transakcji. Jeżeli żadna z metod nie może zostać zastosowana, to organ stosuje metody zysku transakcyjnego, czyli metody określające globalny dochód podatnika. Spotkać się można z poglądem, że co do zasady podatnik powinien kształtować wielkość cen z powiązanymi kontrahentami na podstawie metody „cenowej”, a dopiero organ podatkowy w przypadku kontroli może zastosować jedną z metod zysku transakcyjnego. Nie jest to prawdą. Stosowanie jakichkolwiek metod szacowania cen przez organ podatkowy jest dopuszczalne dopiero, jeżeli spełnione zostaną warunki, o których mowa wyżej. Jednym z nich jest niewykazywanie oczekiwanych dochodów. Jeżeli podatnik wykazuje „oczekiwany dochód”, co wynika np. z zastosowania metody zysku transakcyjnego, to kwestionowanie dochodowości podatnika przez organ podatkowy, stosujący np. metodę porównywalnej ceny niekontrolowanej, nie wchodzi w rachubę.