W ramach współpracy biznesowej z kontrahentami zagranicznymi warto upewnić się, że posiadają oni status zarejestrowanych podatników VAT. Jego brak może spowodować pozbawienie podatnika prawa do odliczenia podatku wynikającego z faktur wystawionych przez niezarejestrowanego kontrahenta. W praktyce może wystąpić sytuacja, że kontrahent zagraniczny straci status zarejestrowanego podatnika VAT w trakcie trwania, niekiedy wieloletniej, współpracy. Wątpliwości związane z prawem do odliczenia VAT w takiej sytuacji rozstrzygał ostatnio WSA w Gdańsku (sygn. akt I SA/Gd 1041/11).

Sprawa dotyczyła spółki, która nabywała paliwa od podmiotu niezarejestrowanego dla potrzeb VAT (utracił ten status). Transakcje zostały udokumentowane fakturami, zaś spółka współpracowała z kontrahentem od dłuższego czasu. Zamierzała odliczyć podatek zawarty w fakturach, jednak organ podatkowy odmówił jej tego prawa. Stanowisko to podtrzymał gdański WSA. Jednak NSA uwzględnił skargę spółki (sygn. akt I FSK 269/11) i w rezultacie sprawa trafiła ponownie do WSA.

NSA wskazał, że sąd I instancji powinien rozważyć, czy fakt niezarejestrowania wystawcy spornych faktur jest wystarczający do pozbawienia podatnika prawa do odliczenia VAT. Stwierdził również, że przepisy Dyrektywy 2006/112/WE należy interpretować w sposób przychylny dla podatnika. Podatnikowi powinno przysługiwać prawo do odliczenia VAT zapłaconego z tytułu nabycia usług wykonanych przez innego podatnika nierejestrowanego dla potrzeb VAT, jeżeli faktury zawierają informacje niezbędne do ustalenia tożsamości wystawcy oraz rodzaju wykonanych usług.

W konsekwencji, rozpoznając sprawę ponownie, gdański WSA uznał, że istnieje możliwość pomniejszenia podatku należnego o podatek naliczony wynikający z faktur, które zostały wystawione przez podmiot niezarejestrowany, ale możliwy do identyfikacji.